提取每条fasta序列的前500bp【Python】

最近看到同学用Perl写了一个提取fasta序列前500bp的脚本，于是自己用Python也写了一个实现相同功能的脚本。

脚本内容如下：

"""
@author: will
@Date:  July 2019
@E-mail: willgyw@126.com
@Description: 
"""

import sys
seq = {}
res = open('500bp.fa', 'w')
with open(sys.argv[1], 'r') as fa:
    for line in fa:
        if line.startswith('>'):
            name = line.strip().split()[0][1:]
            seq[name] = ''
        else:
            seq[name] += line.replace('\n', '')
            
for k, v in seq.items():
    if len(v) <= 500:
        res.write('>' + k+ '\n' + v + '\n')
    else:
        res.write('>' + k+ '\n' + v[:500] + '\n')
        
res.close()

楼主也是刚刚接触生信的新手，如有错误，欢迎指正。