Linux中autoduck批量对接,科学网—用AutoDock进行分子对接教程——半柔性对接 - 杜文义的博文...

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Autodock分子对接教程

First release：2017-12-20  Last update: 2018-07-24

Autodock是一款分子对接软件包，开源且免费，官方网址是，目前最新的版本是AutoDock 4.2.6，包括AutoDock和AutoGrid两个模块，AutoDock软件包下载地址为，包括Linux、Mac OS和Windows版本以及源代码。

AutoDockTools是AutoDock对接的可视化程序，最新版本为MGLTools1.5.6，下载地址为。在此，软件的安装过程就不赘述，不属于本教程的范围。下面将采用AutoDock进行半柔性对接(对接受体蛋白设为刚性，对接配体小分子设为柔性)，Windows 7系统，希望对分子对接的入门者有所帮助。

本教程采用蛋白酶的晶体结构作为分子对接的受体，结构中的配体IOS作为对接的配体分子。

1、从蛋白质数据库中下载晶体结构，用分子查看软件将配体IOS的结构提取出来(pymol，viewerpro，Discovery Studio等软件均可)，并用其他工具进行加氢，电荷，质子化状态确认，最后保存成为ligand.pdb作为分子对接的配体结构；

2、将晶体结构1YT9删掉配体IOS和多余的水分子，保存成为protein.pdb，作为分子对接的受体结构；

3、将结构保存到保存到E:\autodock_test\路径，用AutoDockTools打开ligand.pdb，点击Ligand——Inp