数据差异分析_单细胞RTPCR表达量数据也可以差异分析

最近搜集整理单细胞研究的时候，看到于2015年发表在nature杂志的文章是：Single-cell analysis reveals a stem-cell program in human metastatic breast cancer cells ，蛮有意思的，居然是 Single-cell multiplex qPCR 数据哦！

研究者们首先通过流式预先把细胞分类，分成：basal/stem, luminal, and luminal progenitor cells这3群细胞，如下所示：

流式细胞分选

首先看了看3群细胞的不同病人的表达量差异情况，一般来说，做差异分析的话，组内差异肯定是要小于组间差异，不然就成为了强行找差异，如下所示，符合标准：

主成分分析看细胞亚群距离

分别是：B, basal/stem; LP, luminal progenitor; L, luminal 这3个组。

差异分析的热图就比较好理解了：

差异分析后的热图可视化

数据在GEO可以下载

Single-cell multiplex qPCR data are available at the NCBI GEO database (accession GSE70555).

• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE70555

其中属于Human patients - mammary cells的有271个细胞，大家可以自行下载表达矩阵，然后完成前面的PCA分析图，以及差异分析后的热图。

学徒作业

完成这个差异分析后的热图，根据表达矩阵。

差异分析涉及到的基因

因为RT-PCR是低通量的，所以依赖于生物学背景，研究者在设计这个课题的时候就确定了检测的基因是：116 genes involved in

• stemness,
• pluripotency,
• epithelial-to-mesenchymal transition (EMT),
• mammary lineage specification,
• dormancy,
• cell cycle
• proliferation

当然了，后面有很多精彩的分析，包括看肿瘤转移到不同器官：BM, bone marrow; BR, brain; LN, lymph node; LU, lung; PB, peripheral blood; T, tumour. 就不一一讲解啦。

写到最后

如果你也想开启自己的生物信息学数据处理生涯，但是自学起来困难重重，还等什么呢，赶快行动起来吧！参加我们生信技能树官方举办的学习班：

• 数据挖掘学习班第8期(线上直播3周，马拉松式陪伴，带你入门)，原价4800的数据挖掘全套课程， 疫情期间半价即可抢购。
• 生信爆款入门-第10期(线上直播4周，马拉松式陪伴，带你入门)，原价9600的生信入门全套课程，疫情期间3.3折即可抢购。

生信技能树的粉丝都知道我们有一个全国巡讲的良心学习班，口碑爆棚，生物信息学入门省心省时省力！先看看大家的反馈吧：

• 数据挖掘第一期学习反馈
• 数据挖掘课程能带给你什么收获
• 站在巨人的肩膀上看风景
• 欢迎加入生信技能树小圈子
• “生信入门过半“感想
• 为什么选择生信技能树生信入门全球听(一个月马拉松式授课)
• 花了那么多时间兜兜转转，我终于找对了门
• 我一路风尘仆仆赶来，还好没和你擦肩