表达量差异分析结果的可视化

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对于任意的表达量数据，定量加差异分析都是一套经典的组合拳。当我们想要展示特定基因的组间差异结果时，下面这种图表就派上了用场

横坐标为基因，纵坐标是基因表达量，每一组的表达量采用了箱体图的形式来展现，当然也可以换成小提琴图等其他描述总体分布的可视化方式。对于每一个基因，通过并列的两组箱体来定性的展示两组间的分布差异，而图中星号则表示差异分析的p值，定量展示差异的显著性，通过这种图表，可以直观的展示差异分析结果。

对于这样的图表，推荐使用ggpubr这个R包，这个包是ggplot2的一个扩展，所以其画图的语法遵循ggplot2的定义，简单理解就是每一个属性都对应数据框的每一列，所以我们首要任务是构建一个绘图用的数据框，这个数据框的每一列对应图中的一个元素

1. 第一列，对应x轴，即基因名称

2. 第二列，对应y轴，即基因表达量

3. 第三列，对应样本

3. 第四列，对应图例中的不同颜色，即样本分组

数据准备的代码如下

# 1.基因表达量数据
# 纯文本文件，每一行为基因，每一列为样本
> data <- read.table("data.txt", header = T, sep = "\t", row.names = 1)
> data[1:5, 1:5]
       GSM3076582 GSM3076584 GSM3076586 GSM3076588 GSM3076590
PNP      7.123107   7.115196   7.103920   7.377837   6.960771
PTGIS    2.