edger和deseq2_edgeR-DESeq2分析RNA-seq差异表达

最新推荐文章于 2024-03-01 11:28:44 发布
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文章标签： edger和deseq2
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本文介绍了如何在Bioconductor平台上安装edgeR包，并利用featureCounts的count结果进行基因差异表达分析。首先，通过源代码安装edgeR，接着导入数据，特别是关注Geneid和样本count信息。然后，展示如何处理数据以构建count矩阵，为后续的差异表达分析做准备。
摘要由CSDN通过智能技术生成

转录组分析工具edgeR-DESeq2差异表达分析

edgeR 包的安装

∙edgeR 包是基于Bioconductor平台发布的，所以安装不能直接用install.packages()命令从 CRAN 上来下载

∙安装:

# try http:// if https:// URLs are not supported

>source("https://http://doc.xuehai.net/biocLite.R")

>biocLite("edgeR")

数据导入

∙由于 edgeR 对测序结果的下游分析是依赖 count 计数来进行基因差异表达分析的，在这里使用的是featureCounts来进行统计｀.bam｀

文件中 Map 的结果

∙count 结果如下:

>library(edgeR)

>mydata

>sampleNames

>names(mydata)[7:12]

>head(mydata)

GeneidChrStartEndStrandLengthCA_1CA_2CA_3CC_1CC_2CC_3

1gene1314NW_139421.112571745+489000000

2gene1315NW_139421.121153452+1338000000

3gene1316NW_139421.138564680+825000000

4gene1317NW_139421.148665435-570000000

5gene1318NW_139421.160666836-771000000

6gene1319NW_139421.172949483+2190000000

∙在这里我们只是需要 Geneid 和后 6 列的样本的 count 信息来组成矩阵，所以要处理下

>countMatrix

>rownames(countMatrix)

>head(countMatrix)

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