edger多组差异性分析_edgeR-DESeq2分析RNA-seq差异表达

最新推荐文章于 2023-05-09 16:36:15 发布
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7

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12

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head

(

mydata

)

GeneidChrStartEndStrandLengthCA_1CA_2CA_3CC_1CC_2CC_3

1

gene1314NW_139421.1

12571745

+

489000000

2

gene1315NW_139421.1

21153452

+

1338000000

3

gene1316NW_139421.1

38564680

+

825000000

4

gene1317NW_139421.1

48665435

-

570000000

5

gene1318NW_139421.1

60666836

-

771000000

6

gene1319NW_139421.1

72949483

+

2190000000

在这里我们只是需要

Geneid

和后

6

列的样本的

count

信息来组成矩

阵，所以要处理下

>

countMatrix

as.matrix

(

mydata

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7

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12

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countMatrix

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Geneid

>

head

(

countMatrix

)

weixin_39921087
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【生信分析】Analyzing RNA-seq data with DESeq2：输入数据和差异表达分析
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使用DESeq2进行两组间的差异分析
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edger和deseq2_edgeR-DESeq2分析RNA-seq差异表达
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edger多组差异性分析_转录组edgeR分析差异基因
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转录组edgeR分析差异基因edgeR是一个研究重复计数数据差异表达的Bioconductor软件包。一个过度离散的泊松模型被用于说明生物学可变性和技术可变性。经验贝叶斯方法被用于减轻跨转录本的过度离散程度，改进了推断的可靠性。该方法甚至能够用最小重复水平使用，只要至少一个表型或实验条件是重复的。该软件可能具有测序数据之外的其他应用，例如蛋白质组多肽计数数据。可用性：程序包在遵循LGPL许可证下可...
用DESeq2包来对RNA-seq数据进行差异分析
weixin_46587777的博客
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用DESeq2包来对RNA-seq数据进行差异分析 差异分析的套路都是差不多的，大部分设计思想都是继承limma这个包，DESeq2也不例外。 DESeq2是DESeq包的更新版本，看样子应该不会有DESeq3了，哈哈，它的设计思想就是针对count类型的数据。 可以是任意features的count数据，比如对各个基因的count，或者外显子，或者CHIP-seq的一些feature，都可以用来做差异分析。 使用这个包也是需要三个数据： 表达矩阵 分组矩阵 差异比较矩阵 总结起来三个步骤，我下面会一一讲解
edger多组差异性分析_简单使用DESeq2/EdgeR做差异分析 – 生信笔记
weixin_39640090的博客
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DESeq2和EdgeR都可用于做基因差异表达分析，主要也是用于RNA-Seq数据，同样也可以处理类似的ChIP-Seq,shRNA以及质谱数据。这两个都属于R包，其相同点在于都是对count data数据进行处理，都是基于负二项分布模型。因此会发现，用两者处理同一组数据，最后在相同阈值下筛选出的大部分基因都是一样的，但是有一部分不同应该是由于其估计离散度的不同方法所导致的。DESeq2的使用方法...
edger多组差异性分析_简单使用DESeq2/EdgeR做差异分析
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DESeq2和EdgeR都可用于做基因差异表达分析，主要也是用于RNA-Seq数据，同样也可以处理类似的ChIP-Seq,shRNA以及质谱数据。这两个都属于R包，其相同点在于都是对count data数据进行处理，都是基于负二项分布模型。因此会发现，用两者处理同一组数据，最后在相同阈值下筛选出的大部分基因都是一样的，但是有一部分不同应该是由于其估计离散度的不同方法所导致的。DESeq2的使用方法...
edger多组差异性分析_edgeR之配对检验分析差异基因的使用教程
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edgeR的介绍背景RNA-seq表达谱与生物复制的差异表达分析。 实现一系列基于负二项分布的统计方法，包括经验贝叶斯估计，精确检验，广义线性模型和准似然检验。 与RNA-seq一样，它可用于产生计数的其他类型基因组数据的差异信号分析，包括ChIP-seq，Bisulfite-seq，SAGE和CAGE。简介edgeR包是进行RNA-seq数据分析非常常用的一个R包。该包需要输入每个基因关于每个样...
重启之普通R转录组分析(3)：写一个通用的Deseq2多组差异分析函数
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前面我们已经进行了Bulk转录组上游分析，拿到了count矩阵，那么下一步的重要工作就是进行差异分析。如果你的样本只有两组，那么用DEseg分析很简单，但是如果像我们这次的示例，有很多组，例如是4组，那么要进行差异分析两两比较的时候，跑起来或者数据整理就比较麻烦。尤其是有的时候，有些样本的重复数量并不一致。这里我们提供了一种通用的函数，用来简易、通用的进行差异分析。没什么说的，很简单，只不过我们的函数解决了两人问题，第一样本数量不一致的情况。1、首先是两组样本的比较。2、多组样本的差异分析。
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edgeR、limma、DESeq2三种差异表达包比较（RNA-seq数据）
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1. 加载R包和输入数据 rm(list = ls()) library("DESeq2") library("limma") library("edgeR") expr = read.csv("mRNA_exprSet.csv",sep = ',',header=T) head(expr) TCGA-mRNA数据链接 链接：https://pan.baidu.com/s/1b6l4qg4...
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GEO2R 是一个针对 GEO 数据库中表达谱芯片进行进一步差异分析的工具，利用这个工具我们可以比较 GEO 系列数据中的两组或更多组样品，获得差异性表达基因。而差异基因在医学数据挖掘领域可以说是扮演者举足轻重的位置，无论是肿瘤还是非肿瘤领域的科研很多都是围绕差异基因展开分析。最近，GEOR2 分析工具再次更新啦，随着这次更新，它给我们带来了很多新的功能，比如同时可以获得火山图、平均差图...
简单使用DESeq2/EdgeR做差异分析
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
12-13 4953
DESeq2和EdgeR都可用于做基因差异表达分析，主要也是用于RNA-Seq数据，同样也可以处理类似的ChIP-Seq,shRNA以及质谱数据。这两个都属于R包，其相同点在于都是对co...
RNA_seq(1)植物转录组实战（下）之DESeq2进行差异基因分析
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四、DESeq2差异基因分析 获得reads-counts之后，我们就可以开展差异基因分析了。我们以subread中的featureCounts工具得到的counts_id.txt为例，来进行后续的差异基因分析。 目前常见的差异基因分析工具有DESeq2、limma包等等，此处以DESeq2为工具来进行差异基因的筛选。 First step:获取表达矩阵和分组信息 进行差异基因分析之前，首...
edger和deseq2_基因差异表达分析 cummeRbund 和DESeq, edgeR, limma的区别是什么？
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我看这个回答没什么赞，更新一下。1)四款软件的输入文件不一样，这是很自然的。每个软件都需要准备各自的输入文件，格式不同那个肯定的，内容不同那就是取决于软件怎么分析了。2)结果不一样也很自然。分析方法不一样，结果不可能完全一致。四款软件都是R bioconductor的包。=====cummeRbund，有参转录组tuxedo组件之一。tuxedo=tophat+cufflinks+cummeRbu...
样本足够多时别用DESeq2，用非参数检验都行
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果子老师做过一个非常惊人的举动，用DESeq2处理1225例样本的TCGA数据，在没有使用DESeq多线程参数parallel的情况下，跑了将近40个小时。 那么问题来了，在那么大的样本量的情况下，应该用DESeq2进行数据处理吗？我的结论是不应该，DESeq2的适用场景是小样本的差异表分析，降低假阳性。当你的样本量足够多的时候，我们其实有更好的选择。 这里以果子...
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