linux下载sra数据库,NCBI-SRA数据下载的3种方法

SRA 数据库， 为Sequence Read Archive 的缩写。主要存储高通量测序的原始数据，来自四个测序平台，分别为：Roche_LS454，Illumina，ABI_SOLID和HELICOS。

从事生物信息分析的老师和同学一般都会接触SRA数据，下载SRA数据的方法也有很多，这里来简单总结一下。

方法一：SRA　Tookit下载

SRA Tookit　是NCBI 提供的下载软件，我们需要下载安装，下载地址：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software 。

选择需要的SRA Tookit 版本进行下载，下载后直接解压到某个指定位置即可。然后搜索SRA数据，例如，我们要下载SRP108428(阅读文献可以找到公开数据的project号)下的所有数据，打开NCBI网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP108428(此处为project号)，点击"Accession List"键，下载得到SRR List 储存在sra.txt文件中。

得到sra.txt文件如下：