linux下载sra数据库,NCBI SRA数据库使用详解

做为一个合格的生物信息菜鸟，没钱测序咋整，免不了到处求数据呀找数据.....练好基本功必须先从找数据开始！今天小编就来介绍一下一个存储大量高通量数据的的数据库-SRA。

1、简介

SRA(Sequence ReadArchive)数据库是用于存储二代测序的原始数据，包括 454，Illumina，SOLiD，IonTorrent，Helicos 和 CompleteGenomics。除了原始序列数据外，SRA现在也存在raw reads在参考基因的比对信息。

根据SRA数据产生的特点，将SRA数据分为四类：

Studies-- 研究课题

Experiments-- 实验设计

Runs-- 测序结果集

Samples-- 样品信息

SRA中数据结构的层次关系为：Studies->Experiments->Samples->Runs.

Studies是就实验目标而言的，一个study 可能包含多个Experiment。

Experiments包含了Sample、DNA source、测序平台、数据处理等信息。

一个Experiment可能包含一个或多个runs。

Runs 表示测序仪运行所产生的reads。

SRA数据库用不同的前缀加以区分：

ERP或SRP表示Studies；

SRS 表示 Samples；

SRX 表示 Experiments；

SRR 表示 Runs；