prody python API 教程

prody python API 教程

介绍

结构集成分析

弹性网络模型

轨迹分析

可视化

如何开始

使用 ProDy

互动使用

使用文档

ProDy 基础知识

文件解析器

分析功能

绘图函数

蛋白质结构

原子团

ProDy 冗长

原子团

建立一个原子组

在 AtomGroup 中存储数据

原子选择

这部分提供了有关AtomGroup对象属性的更多信息。我们从进行必要的进口开始。请注意，每个文档页面都包含它们，以便可以独立执行其中的代码。如果您已经在 Python 会话中完成它们，则可以跳过它们。

In [1]: from prody import *
In [2]: from pylab import *
In [3]: ion()

原子选择

AtomGroup实例有一个简单的原子视图以提高效率，但它们与强大的原子选择引擎相结合。您可以通过传递简单的关键字或使用复合语句进行相当复杂的选择来获得定义明确的原子子集。选择关键字和语法与VMD中的非常相似。此处显示了一些示例

关键字选择

现在，我们解析一个结构。这可以是任何结构，例如您从研究中熟知的结构。

In [4]: structure = parsePDB('1p38')
In [5]: protein = structure.select('protein')
In [6]: protein
Out[6]: <Selection: 'protein' from 1p38 (2833 atoms)>

使用“protein”关键字，我们从 2962 个原子中选择了 2833 个原子。 Atomic.select() 方法返回一个 Selection 实例。请注意，为 AtomGroup 对象定义的所有 get 和 set 方法也为 Selection 对象定义。例如：

In [7]: protein.getResnames()
Out[7]: array(['GLU', 'GLU', 'GLU', ..., 'ASP', 'ASP', 'ASP'], dtype='|S6')

按名称/类型选择

我们可以通过在“name”关键字后面传递原子名称来选择骨架原子：

In [8]: backbone = structure.select('protein and name N CA C O')

In [9]: backbone
Out[9]: <Selection: 'protein and name N CA C O' from 1p38 (1404 atoms)>

或者，我们可以使用“backbone”来进行相同的选择

In [10]: backbone = structure.select('backbone')

我们通过使用带有“resname”关键字的残留物名称来选择酸性和碱性残留物

In [11]: charged = structure.select('resname ARG LYS HIS ASP GLU')

In [12]: charged
Out[12]: <Selection: 'resname ARG LYS HIS ASP GLU' from 1p38 (906 atoms)>

或者，我们可以使用预定义的关键字“acidic”和“basic”。

In [13]: charged = structure.select('acidic or basic')

In [14]: charged
Out[14]: <Selection: 'acidic or basic' from 1p38 (906 atoms)>

In [15]: set(charged.getResnames())
Out[15]: {'ARG', 'ASP', 'GLU', 'HIS', 'LYS'}

复合选择

让我们尝试更复杂的选择。我们首先使用 calcCenter() 函数计算蛋白质原子的几何中心。然后，我们选择距离几何中心$10A$以内至少有一个原子的残基的$C_{\alpha }$和$C_{\beta }$原子。

In [16]: center = calcCenter(protein).round(3)

In [17]: center
Out[17]: array([ 1.005, 17.533, 40.052])

In [18]: sel = structure.select('protein and name CA CB and same residue as '
   ....:                        '((x-1)**2 + (y-17.5)**2 + (z-40.0)**2)**0.5 < 10')
   ....: 

In [19]: sel
Out[19]: <Selection: 'protein and nam...)**2)**0.5 < 10' from 1p38 (66 atoms)>

或者，这种选择可以如下所示

In [20]: sel = structure.select('protein and name CA CB and same residue as '
   ....:                        'within 10 of center', center=center)
   ....: 

In [21]: sel
Out[21]: <Selection: 'index 576 579 5... 1687 1707 1710' from 1p38 (66 atoms)>

简化选择

在交互式会话中，输入 .select('protein') 或 .select('backbone') 的替代方法是使用点运算符：

In [22]: protein = structure.protein

In [23]: protein
Out[23]: <Selection: 'protein' from 1p38 (2833 atoms)>

你可以多次使用点运算符

In [24]: bb = structure.protein.backbone

In [25]: bb
Out[25]: <Selection: '(backbone) and (protein)' from 1p38 (1404 atoms)>

这可能会继续：

In [26]: ala_ca = structure.protein.backbone.resname_ALA.calpha

In [27]: ala_ca
Out[27]: <Selection: '(calpha) and ((...and (protein)))' from 1p38 (26 atoms)>

使用这个灵活而快速的原子选择引擎，您可以做更多的事情，而不需要编写带有比较的嵌套循环或更改源代码。请参阅以下页面

• Atom Selections所有选择关键字的描述
• Intermolecular Contacts选择相互作用的原子

选择操作

对象可以与位操作符一起使用

Union

让我们分两步对非gly氨基酸残基选择β碳原子，对GLYs选择α碳原子

In [28]: betas = structure.select('name CB and protein')

In [29]: len(betas)
Out[29]: 336

In [30]: gly_alphas = structure.select('name CA and resname GLY')

In [31]: len(gly_alphas)
Out[31]: 15

以上显示p38结构包含15个GLY残基。

这两个选择可以组合如下：

In [32]: betas_gly_alphas = betas | gly_alphas

In [33]: betas_gly_alphas
Out[33]: <Selection: '(name CB and pr...nd resname GLY)' from 1p38 (351 atoms)>

In [34]: len(betas_gly_alphas)
Out[34]: 351

选择并集的选择字符串变为：

In [35]: betas_gly_alphas.getSelstr()
Out[35]: '(name CB and protein) or (name CA and resname GLY)'

注意，使用选择字符串也可以产生相同的选择
(name CB and protein) or (name CA and resname GLY).

交叉

得到两个选择的交集同样容易。让我们在蛋白质中找到带电的中性的残基

In [36]: charged = structure.select('charged')

In [37]: charged
Out[37]: <Selection: 'charged' from 1p38 (906 atoms)>

In [38]: medium = structure.select('medium')

In [39]: medium
Out[39]: <Selection: 'medium' from 1p38 (751 atoms)>

In [40]: medium_charged = medium & charged

In [41]: medium_charged
Out[41]: <Selection: '(medium) and (charged)' from 1p38 (216 atoms)>

In [42]: medium_charged.getSelstr()
Out[42]: '(medium) and (charged)'

让我们看看哪些氨基酸是带电的，哪些是中性的

In [43]: set(medium_charged.getResnames())
Out[43]: {'ASP'}

中性或带电的氨基酸呢

In [44]: set((medium | charged).getResnames())
Out[44]: {'ARG', 'ASN', 'ASP', 'CYS', 'GLU', 'HIS', 'LYS', 'PRO', 'THR', 'VAL'}

反转

也可以将所选内容反转

In [45]: only_protein = structure.select('protein')

In [46]: only_protein
Out[46]: <Selection: 'protein' from 1p38 (2833 atoms)>

In [47]: only_non_protein = ~only_protein

In [48]: only_non_protein
Out[48]: <Selection: 'not (protein)' from 1p38 (129 atoms)>

In [49]: water = structure.select('water')

In [50]: water
Out[50]: <Selection: 'water' from 1p38 (129 atoms)>

由此可见，1p38不含任何非水杂原子。

添加

在 Select 对象上定义的另一个操作是加法（也在其他 AtomPointer 派生类上）。

如果您想以特定顺序在 AtomGroup 中产生原子，这可能很有用。让我们考虑一个简单的情况，我们想要以特定顺序输出 1p38 中的原子：

In [51]: protein = structure.select('protein')
In [52]: water = structure.select('water')
In [53]: water_protein = water + protein
In [54]: writePDB('1p38_water_protein.pdb', water_protein)
Out[54]: '1p38_water_protein.pdb'

在生成的文件中，水原子将在蛋白质原子之前。

Membership(是否包含)

选择还允许成员测试操作

In [55]: backbone = structure.select('protein')

In [56]: calpha = structure.select('calpha')

calpha 是backbone的子集吗

In [57]: calpha in backbone
Out[57]: True

或者，水是否在蛋白中

In [58]: water in protein
Out[58]: False

其他测试包括

In [59]: protein in structure
Out[59]: True

In [60]: backbone in structure
Out[60]: True

In [61]: structure in structure
Out[61]: True

In [62]: calpha in calpha
Out[62]: True

相等

您还可以检查选择的相等性。如果两个选择都引用相同的原子，则比较将返回 True。

In [63]: calpha = structure.select('protein and name CA')
In [64]: calpha2 = structure.select('calpha')
In [65]: calpha == calpha2
Out[65]: True

分层视图

分层视图

链条

残留物

原子

状态变化

结构分析

测量几何特性

比较和对齐结构

编写 PDB 文件

动力学分析

PCA 计算

ANM 计算

对比分析

输出数据文件

外部数据

绘制数据

更多例子

序列分析

访问 Pfam

解析 MSA

序列

分析

应用教程

对齐 PDB 文件

ANM计算

PCA 计算

参考

http://prody.csb.pitt.edu/tutorials/prody_tutorial/