Pymol教程--surface/cartoon透明度的调节(静电势能)

最新推荐文章于 2024-11-29 19:58:49 发布
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分类专栏： DrugAi 文章标签： 人工智能
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本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_42486623/article/details/124992286
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本教程通过视频形式详细介绍了如何使用Pymol软件调节表面及卡通模型的透明度，包括下载蛋白质结构文件、隐藏非键接相互作用、生成静电势能、设置不同对象的颜色与透明度等步骤。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

Pymol教程–surface/cartoon透明度的调节(静电势能)

视频教程来自于钰沐菡， https://www.bilibili.com/video/BV1bZ4y1G765?spm_id_from=333.999.0.0

  • Step1, 下载蛋白:fetch 4pl6

  • Setp2, 隐藏Non-bonded interactions - 非键接相互作用

  • Setp3，生成静电势能

  • Setp4， 设置透明度，setting->edit all

  • Setp5,选择原来蛋白

  • Setp6， 改颜色，

    效果如下：

  • Setp7， 单独给cartoon设置颜色：set cartoon_color, yellow

  • Setp8, 恢复默认颜色， set cartoon_color, default

  • Setp9, 给特定对象设置颜色set cartoon_color, yellow, 4pl6

  • Setp10， 给特定对象设置透明度， set cartoon_transparency 0.4 4pl6

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最新发布
03-19
<think>嗯，用户遇到了两个问题：一个是wget命令找不到，另一个是导入GPG密钥时出现“no valid OpenPGP data found”错误。我需要先理清楚这两个问题的解决步骤。 首先，wget未找到的问题。这通常是因为系统里没有安装wget。Ubuntu的话，默认可能没有预装，特别是最小化安装的时候。所以解决方法应该是安装wget，使用apt-get命令。不过用户可能不太熟悉包管理工具，所以需要详细步骤，比如先更新包列表，然后安装wget。可能还需要检查网络连接或者软件源配置是否正确，但基础问题应该先安装。 然后是GPG密钥导入失败的问题。根据用户提供的引用，有几个可能的原因。比如网络问题导致下载的密钥文件不完整，或者下载链接本身有问题。另外，用户可能使用了错误的命令结构，比如管道符后面没有正确传递数据。解决方法可能包括分步下载密钥文件，或者换用curl代替wget，或者手动下载密钥后再添加。例如引用4中提到分开操作，先下载再用apt-key add，这可能有效。 需要综合引用中的信息。比如引用1和引用4都是通过分步下载来解决，而引用2使用curl来获取密钥。可能用户需要尝试不同的下载方法，或者检查密钥服务器的可用性。此外，确保下载的密钥文件是完整的，没有截断或错误内容。可能还需要检查是否有代理或防火墙阻止了下载，导致数据不完整。 另外，用户提到的是Linux Surface设备，不知道是否有特殊的配置，但一般来说，解决方法与普通Ubuntu系统类似。可能需要确认系统版本和架构，但暂时先按通用方法处理。 接下来，整理步骤：先解决wget安装问题，然后处理GPG密钥导入。对于GPG的问题，分步骤操作，比如使用curl替代，或者手动下载，或者检查下载的文件是否正确。同时，用户可能需要更新系统或添加正确的软件源。 需要注意的是，如果用户使用的是较新的Ubuntu版本，可能apt-key已经被弃用，这时候应该建议使用更安全的方式添加密钥，比如将密钥放到/etc/apt/trusted.gpg.d/目录下，但用户的问题可能还是需要传统的apt-key方法。不过根据引用中的例子，暂时沿用apt-key的步骤。 最后，生成相关问题时，要考虑用户可能进一步的问题，比如如何验证密钥是否正确，或者安装其他工具如curl的方法，或者处理其他依赖问题。</think>### 分步解决方案 #### 问题1: `wget`命令未找到 1. **检查`wget`是否安装** 运行命令 `which wget`，若返回空则表示未安装。 2. **安装`wget`** 更新软件源并安装： ```bash sudo apt-get update && sudo apt-get install -y wget ``` 3. **验证安装** 再次运行 `wget --version`，确认输出版本信息[^1][^2]。 --- #### 问题2: GPG密钥导入失败 (`gpg: no valid OpenPGP data found`) ##### 方法1: 分步操作 1. **手动下载密钥文件** 使用浏览器访问密钥链接（如`https://example.com/key.pub`），保存为本地文件（如`key.pub`）。 2. **添加密钥到APT信任列表** ```bash sudo apt-key add key.pub ``` 3. **更新软件源** ```bash sudo apt-get update ``` 此方法适用于网络不稳定或管道符传递数据异常的场景[^1][^4]。 ##### 方法2: 使用`curl`替代`wget` 1. **安装`curl`（若未安装）** ```bash sudo apt-get install -y curl ``` 2. **通过`curl`下载并添加密钥** ```bash curl -fsSL https://example.com/key.pub | sudo apt-key add - ``` 使用`-fsSL`参数可忽略证书错误并静默下载[^2]。 ##### 方法3: 检查密钥完整性 - **验证密钥文件内容** 运行 `cat key.pub`，确认文件包含完整的ASCII格式公钥（以`-----BEGIN PGP PUBLIC KEY BLOCK-----`开头和结尾）。 --- ### 综合操作示例（以ROS安装为例） 1. 安装`wget`： ```bash sudo apt-get update && sudo apt-get install -y wget ``` 2. 手动下载ROS密钥： ```bash wget http://packages.ros.org/ros.key -O ros.key ``` 3. 添加密钥并更新： ```bash sudo apt-key add ros.key sudo apt-get update sudo apt install ros-noetic-desktop-full ``` 此流程可避免管道符导致的中间数据丢失[^1]。 ---
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