计算化学---MS学习笔记（Forcite）(总结自B站up主月只蓝MS系列教学视频)

模拟四部曲：构建模型->设置计算参数->运行计算->分析与展示计算结果。

1、分子力学与Forcite核心参数

1.1 分子力学的基本思想

分子力学（Molecular Mechanics, MM）

基本思想：基于Born Oppenheimer近似，系统能量表示为原子核位置的函数（忽略电子运动）

能量表达方式：势函数，或力场（Forcefield）(即把原子位置的坐标带入力场的表达式即可获得模型的能量)

对分子力学的基本认识：

1. 无法考察电子得失与转移

2. 无法计算涉及化学反应的过程（反应性力场除外）

3. 可研究的范围，依赖于力场的适用范围：不存在适用于任何体系的力场

4. 计算结果的可靠性依赖于力场的选取：计算的精度，依赖于力场的精度

1.2 力场究竟是什么 

简而言之，力场就是一个用来计算系统能量的函数式。

Etotal=Epotential+Ekinetic(0K时，动能为0)=Epotential （总能量等于势能+动能）

Epotential=Evalence（键能项）+Enon-bond（非键能）

Epotential=Ecalence-diag（1.键能对角项）+Evalence-cross（2.键能交叉项）+Enon-bond（3.非键能）

1.键能对角项包括：

1.1 Bond：键长的伸缩  1.2 Angle：键角的弯曲  1.3 Torsion：二面角的扭转  1.4 Inversion： 离平面的弯曲

2. 键能交叉项：包括八项（省略）

3. 非键能 

3.1 van der Waals：范德华力  3.2 Electrostatic：静电力能  3.3 Hydrogen bond：氢键能

共15个子项，一个力场包含的子项越多，则该力场越精确。每个子项都有自己的函数式。

 实例：使用不同力场计算同一系统的能量，在相应.txt文档中找到能量等数据。

使用的力场不同，计算的结果不同。要横向对比不同系统的数据，需使用同一力场！！！

1.3 影响能量计算结果的核心参数：力场类型和电荷

 设置原子的力场类型：选中原子->左下角框中（Atom）->forcefiled type

设置原子的电荷数：选中原子->左下角框中（Atom）->charge

2、正确设置力场和电荷

2.1 设置力场和电荷的基本原则

设置力场的基本原则：原子的力场类型，需符合其所处的化学环境。