计算化学---MS学习笔记（热门问题答疑）(总结自B站up主月只蓝MS系列教学视频)

一、如何使用MS构建离子

1、建模（即画出原子）

2、设置计算参数（分为两个模块：量子力学和分子力学）

量子力学：CASTEP和DMol3（点开板块->设置Charge）

Na+

Cl-

CO32- 碳酸根离子

Na+ 和 H2O体系：设置体系净电荷即可。

分子力学：Forcite模块（基本原则：力场类型与电荷需同时匹配）

Na+

关注”Charge“和”Foecefieldtype“，此时两个参数都还没有设置。

力场类型选择：‘COMPASS 2”->点击"More"->取消两个勾选->再分别点击两个勾选后的“Calculate”

再选中Na原子查看性质，此时已调整完毕。

CO32-：步骤一样

检查原子类型是否是碳酸根里的原子类型。

再检查一下“Netcharge”是否符合

不适用情况：没有适用于该离子的力场时（例如Fe3+和Sr2+在COMPASS 2中没有对应的力场选项，就算此时单独在“Properties”窗口改变原子“Charge”也没用）

解决方法（个人猜想）：用Dmol3板块设置电荷计算。