jupyter分割代码块_3DUnet医学分割速成-MONAI

本文介绍如何利用MONAI进行3D脾脏分割,重点讨论数据处理、网络架构理解及结果展示。通过实例,展示了MONAI在处理Nifti格式数据时的注意事项,包括数据转换、重采样间隔、尺度归一化等,并提醒读者注意训练和验证阶段的变换一致性。此外,文章还提到MONAI示例中未包含分割结果的导出功能,作者自行实现将分割结果保存为Nii/Nrrd格式。
摘要由CSDN通过智能技术生成

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MONAI是基于PyTorch的开源框架,用于医疗影像的深度学习领域。本文示范3D的脾脏分割,提供数据集和jupyter代码。

我找了好久类似的分割例程,还是MONAI最贴心最清晰,半天就出结果了,可以在jupyter notebook 里面看到分割的结果和手工标注的label的比较。

1. 安装: pip install monai

2. 代码&数据

Project-MONAI/tutorials​github.com
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3. 对于数据的载入和预处理

3.1 首先注意数据路径,data_root要改成你自己的路径

3.2 目前MONAI只适用于Nifti格式的文件,Nrrd格式需要自行转换为nii/nii.gz 格式.(格式转换这个问题困惑了我好久,因为我们实验室只有nrrd格式的数据。最后使用sitk解决了这个问题。)

3.3 注意transform里面的重采样间隔[1.5,1.5,2],和sitk.GetSpacing的X.Y.Z的顺序不一样。例如:我的数据si

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医学图像分割是指将医学图像中感兴趣的结构或区域从背景中分离出来的过程。近年来,基于深度学习的医学图像分割方法取得了显著的进展,以下是国内外研究现状的概述: 国外研究现状: 1. U-Net:U-Net是一种常用的卷积神经网络架构,被广泛应用于医学图像分割。它具有编码器-解码器结构,通过跳跃连接帮助保留图像细节信息。 2. SegNet:SegNet是另一种流行的医学图像分割网络,它使用编码器-解码器结构,并且在解码器部分使用反卷积层进行上采样。 3. FCN:全卷积网络(Fully Convolutional Networks)是一种将传统的卷积神经网络转化为适用于语义分割任务的架构。它通过在最后几层上采样得到与输入图像相同大小的预测图。 国内研究现状: 1. DenseASPP:密集空洞空间金字塔池化(DenseASPP)网络采用了密集空洞卷积和空间金字塔池化结构来提高分割性能。 2. DUNetDUNet是一种融合U-Net和DenseNet的网络结构,通过引入密集连接和跳跃连接来增强网络性能。 3. DMNet:DMNet是一种基于深度监督的多尺度网络,通过引入多个尺度的分支网络和监督机制来提高分割准确性。 需要注意的是,这只是医学图像分割领域中一些常用的深度学习方法,实际研究还涉及到许多其他网络架构和算法。此外,数据集的选择、预处理方法和网络训练策略也对最终的分割结果起着重要作用。

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