语言绘制基因表达热图_R 语言绘制环状热图

作者：佳名来源：简书 - R 语言文集

1. 读取并处理基因表达数据

这是我的基因表达量数据：

图 Fig 1

> myfiles "*.csv")
> myfiles
[1] "4_total_total_FPKM.csv"
> matrix 1], sep=',', header=T, check.names=FALSE, row.names=1)

1.1 提取部分数据集

提取 padj 的值小于 0.2 的数据：

> matrix 0.2)

1.2 提取基因表达值所在的列，组成新的矩阵，并将矩阵转置

由于 R 语言的 scale 函数是按列归一化，对于我们一般习惯基因名为行，样本名为列的数据框，就需要进行转置。

mat 7:12])     # 7-12 列为每个样本的基因表达量

1.3 基因表达归一化

mat TRUE, scale = TRUE)
View(mat)

图 Fig 2

1.4 对数据进行聚类，从而得到其 dendrogram

# dist 函数计算 microRNA 间的距离， hclust 函数用来进行层次聚类.
dend 

1.5 定义进化树颜色

library(dendextend)
n 3    # n 可自定义
dend % set("branches_k_color", k = n) 

1.6 可视化处理

par(mar=c(7.5,3,1,0))
plot(dend)

图 Fig 3

1.7 聚类后的矩阵

如图 Fig 3，聚类后的矩阵的列的顺序会发生变化。按此顺序，重新排列矩阵。

mat2 

<