基因组装CLR数据 pipeline

于 2023-01-04 20:14:46 发布
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基因组装CLR数据流水线是一种用于构建基因组的方法，它使用了一种称为"连续最小重叠"(CLR)的比对算法。 该流水线通常包括如下步骤：

  1. 数据准备：这一步包括对测序数据进行预处理和过滤，以去除哈希值重复的序列和质量较低的序列。

  2. 序列比对：在这一步中，将测序数据与参考基因组序列进行比对，以找到最佳的比对位置。

  3. 连续最小重叠(CLR)分析：在这一步中，将比对好的序列按照其相对位置进行重叠，并找到相邻序列之间的最小重叠部分。

  4. 基因组拼装：使用CLR分析得到的信息，将比对好的序列拼装成基因组。

  5. 基因组质控：在这一步中，对基因组进行质量控制，以确保其质量较高。

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南风寺山
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