miRNA信息包:miRBaseVersions.db

最新推荐文章于 2024-03-15 21:37:22 发布

【云森】

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文章标签： java linux python mysql 数据库

在前面我有文章介绍过生信中各种ID转换【文章:生信中各种ID转换】，我们可以通过各种基因注释包来转换各种基因ID，这里给大家介绍一下miRNA注释包：miRBaseVersions.db。这个包是基于miRbase数据库的。

由于数据库不断的增长和变化，miRNA的名称可能在不同的版本中有不同的名称，甚至不再被列为有效的miRNA。这个注释包作为一个存储库，可以用于快速查找成熟的miRNA名称。

如果没有安装包先安装：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")


BiocManager::install("miRBaseVersions.db")

如果安装出错，参考下面文章。

R包安装时安装程序包****时退出的状态不是0，或者版本不适的一种解决方法。

我们可以使用使用keytypes这个函数来查看可以检索数据的版本，最新版本是22。键类型“MIMAT”是主表，包含所有支持的miRBase版本的所有记录。以前缀“VW-MIMAT”开头的键类型被称为SQL views。你可以理解为不同的版本，例如，键类型“VW-MIMAT-22.0”是来自“MIMAT”表的SQL views，它只保存来自miRBase版本22.0的记录。

keytypes(miRBaseVersions.db)

使用columns函数来检索关于你可以在最终输出中检索的变量类型的信息:

columns(miRBaseVersions.db)

keys函数返回指定keytypes的所有可行的key。以下示例检索miRBase版本22.0的所有可能key。

head(keys(miRBaseVersions.db, keytype = "VW-MIMAT-22.0"))

select函数用于提取数据。作为输入值，该函数接受从其他三个函数(键、列和键类型)接收的输出。

例如，要提取关于成熟accession' MIMAT0000092 '的所有信息，我们可以运行以下命令:

result <- select(miRBaseVersions.db, 
                keys = "MIMAT0000092", 
                keytype = "MIMAT", 
                columns = "*")
result;

我们可以看到，结果返回了不同miRBase版本中加入的所有miRNA名称。参数columns = "*"表示返回所有列。例如，如果我们只想提取' accession '， ' name '和' version '的字段，我们只需运行以下命令:

result <- select(miRBaseVersions.db, 
                keys = "MIMAT0000092", 
                keytype = "MIMAT", 
                columns = c("ACCESSION", "NAME", "VERSION"))
result;