mirbase数据库简介

miRbase是一个由曼彻斯特大学维护的全面miRNA数据库,包含200多种物种的近4万个miRNA信息。用户可以检索并浏览miRNA前体及其表达量、可信度等详细信息。miRNA靶标分为实验验证和预测两类,提供多个数据库资源。此外,miRbase还支持新发现miRNA的命名申请。

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miRbase 是由曼彻斯特大学的研究人员开发的一个在线的miRNA数据库,该数据库中收录了来自200多个物种,接近4万个miRNA的信息,是最全面的miRNA数据库,网址如下

http://www.mirbase.org/index.shtml

我们可以方便的检索和浏览该数据库中的信息,以human为例, 在Browse菜单中,可以检索到hman的所有miRNA前体,示意如下

ID代表miRNA前体的名字, Accesion代表miRNA 前体的编号;RPM为Reads perl million  mapped的缩写,代表miRNA前体的表达量;Chromosome, start,end,strand表示miRNA前体所在的染色体位置信息,Confidence`表示可信度。

hsa-let-7a-1为例, 点击该链接可以查看详细信息,在详情页面,可以得到这个miRNA前体对应的基因,序列,茎环结构等信息

还可以看到这个miRNA前体产生的的两条成熟的miRNA序

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