植物miRNA数据库PmiREN2.0的使用

前记

miRNA数据库是一个用于存储和分析microRNA（miRNA）序列和相关信息的数据库。miRNA是一类具有约20-24个核苷酸的非编码小RNA分子，通过调控基因表达来参与细胞生物学过程。miRNA数据库中通常包含miRNA序列、miRNA靶向基因、miRNA表达谱、miRNA功能注释等信息。常见的miRNA数据库包括miRBase、miRDB、miRTarBase等。这些数据库提供了丰富的miRNA数据资源，可以帮助研究人员进行miRNA的功能注释、靶向基因预测和生物学过程分析等研究工作。

一、PmiREN数据库介绍

PmiREN（Plant miRNA ENcyclopedia）是一个全面的植物 miRNA 功能数据库。在 2.0 版中，它包含了从叶绿体到被子植物的 179 个物种的 38,186 个 miRNA 位点（MIR），隶属于 7,838 个科、1,668 个同源区块和 141,327 对预测的 miRNA-靶标。此外，2331 个深度测序的小 RNA 文库被用于量化 miRNA 表达模式，116 个 PARE-Seq 文库被用于验证预测的 miRNA 对。与 1.0 版相比，PmiREN2.0 不仅保留了完整的功能，还增加了 11 个新工具，用于深度数据挖掘和实验实践，促进了从数据收集到全功能知识库的过渡。

官网地址：

PmiREN: Plant microRNA Encyclopediahttps://www.pmiren.com/打开后，界面如下所示：

PmiREN2.0官网

 二、PmiREN2.0数据库使用

 1、Browse选项

点击后可以按照物种分类去去查询对应物种的miRNA信息，如下所示：

2、Search选项

点击后可以按照物种分类去去查询对应物种的miRNA信息，如下所示：

 

 可以看到有以下几种方式进行检索：

By miRNA identifier or keyword
By Sequence
By genomic location
By clusters
By expression
By syntenic blocks
By target genes 

3、Download选项

 此页面可以下载miRNA相关信息文件，可以通过FTP服务器下载。

4、Documentation选项

此页面提供了该网站的基本信息，使用的方法和功能介绍。

5、Resources选项

该网站也提供了很多工具和资源。例如miRNA Databases，里面有很多数据库资源。

  miRNA Databaseshttps://www.pmiren.com/database

6、Tools选项

提供了很多miRNA相关工具。 

7、Community选项

为软件的使用者提供了交流平台。

8、Submit选项

向数据库提交miRNA信息。

9、 Contact选项

 三、示例使用

以玉米的miR156为例，直接搜索如下。

结果如下，显示所有的靶基因等信息。

点开第一个Zma-MIR156a，可以看到详细信息。

1、基本信息

基本信息

2、二级结构和序列

3、聚类和共线性信息

 4、表达谱信息

5、靶基因信息

6、不同物种保守性

后记

以上是PmiREN数据库的简单介绍和使用方法了，具体的细节还需自行探究。

2024.3.15

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