具有恒电势计算功能的lammps版本编译（含CONP2、intel加速包和Colvars）

20220823 By Junwu Chen at EPFL

编译lammps的具有恒电势计算功能的版本，采用LAMMPS-CONP2（或者说LAMMPS-USER-CONP2）软件包，开发者有视频介绍。

官网相关介绍：
The USER-CONP2 package allows users to perform LAMMPS MD simulations with constant potential electrodes. It updates the original LAMMPS-CONP (https://github.com/zhenxingwang/lammps-conp) with the following improvements and optimizations:

1. Overall electroneutrality enforced via projection matrix precomputation
2. New PPPM KSpace styles and CONP interfaces, including with the Intel package
3. Smart neighborlisting and newton on compatibility
4. Extensive vectorization speedups in the old Ewald KSpace code

1. 下载CONP2匹配的lammps 27May2021版本源代码（可自行下载:官方;github）

wget方式下载（网络等问题可自行下载后上传服务器）：

wget https://lammps.sandia.gov/tars/lammps-27May2021.tar.gz --no-check-certificate

2. 安装编译lammps

编译环境加载:

1. Intel开发套件(parallel_studio_xe_2018)加载，如我组服务器为：

source /opt/intel/parallel_studio_xe_2018/psxevars.sh

2. 高版本GCC加载(如v_7.5.0，此处采用module方式加载)，因为makefile是由GNU make编写

module load GCC/7.5.0 cmake-3.17.0-gcc-7.5.0

安装CONP2:

tar zxf lammps-27May2021.tar.gz
unzip lammps-USER-CONP2-main.zip
# export LAMMPS_PREFIX=/path/to/lammps
export LAMMPS_PREFIX=`pwd`/lammps-27May2021
cd lammps-USER-CONP2-main/
bash ./install_cmake.sh

选择需要安装的package：
如：

cd ../lammps-27May2021
mkdir build && cd build
cmake -C ../cmake/presets/most.cmake \
      -C ../cmake/presets/nolib.cmake \
      -C ../cmake/presets/intel.cmake \
      -D PKG_USER-CONP2=yes \
      -D PKG_USER-INTEL=yes \
      -D INTEL_ARCH=cpu -D INTEL_LRT_MODE=threads \
      -D FFT=MKL \
      ../cmake
# 执行上个命令时会自动安装USER-CONP2、USER-INTEL（intel加速包）和大部分包

相关命令，详情见官方手册

注意：有些软件包需要其它库依赖，无法安装，详情见官方手册

开始编译(build/目录下)：

make -j 12

其中的12代表用12核cpu并行编译，若之前编译过或编译失败过，请在正式编译前运行make clean

测试可以用src/USER-INTEL/TEST下的脚本，但要自己根据机器修改相应配置。