lammps模拟中，控温失败的一个原因及解决方案

大家好，我是小马老师。
最近几天，在咨询中遇到几例控温失败的案例，觉得这类案例具有一定的代表性，和大家分享一下。
在一些lammps模拟中，会设置固定层、恒温层，在控温时，不同的区域设置不同的控温策略。
如固定层速度和受力会设为0（温度肯定也为0），恒温层会设置一个恒温器进行控温。
但是在实际运行过程中，会发现log文件输出的温度要低于设定温度，或者恒温层温度高于设定温度。
出现这种现象的主要原因是忽略了一个细节，在分区域控温时，输出或者设定温度必须指定特定原子组，否则默认的是全部原子温度。

下面以一个案例解释这个细节，Cu分为上下两侧，上层为恒温区，控温目标300k，下层为固定边界层，不控温，设置受力和速度为0。
模型如下图所示：

控温代码如下：

#上层原子温度初始化为300k
velocity top create 300 8989
#固定下层原子
velocity botom set 0 0 0
fix 01 botom setforce 0 0 0
#计算上下层温度
compute topTemp top temp
compute botTemp botom temp
#输出上下层和全局温度
thermo          100
thermo_style    custom step c_topTemp c_botTemp  temp 
#保存结构文件
dump            1 all atom 100 cu.xyz
fix             2 all nvt temp 300 300 0.01
run             1000

这是一段比较常用的代码，运行后，屏幕输出结果为：

左侧第一列为top层温度最终温度为602k，中间列为下部边界层，温度为0k，最右侧为全局温度，最终300k。
我们的本意是控制上层的温度为300k，结果最终导致上层的温度为600k，造成控温失败。
主要原因是fix nvt命令中的temp默认为全部原子的平均温度，因边界层原子温度为0k，只能提高top层原子温度才能保证全局温度为300k。
解决的办法也比较简单，在fix nvt后面加一句fix_modify命令，把fix nvt命令中的temp控温对象设为top组原子：

dump            1 all atom 100 cu.xyz
fix             2 all nvt temp 300 300 0.01
fix_modify      2 temp topTemp
run             1000

再次运行，得到结果如下：

这时候，top层温度接近300K，全局温度只有150K，这时候就达到top准确控温的目的了。

lammps模拟过程中出现问题时，一定要仔细分析原因，从基本原理入手是最有效的​方法。

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