linux安装lammps(intel mpi)配合deepmd
2021-03-15 By Junwu Chen
参考教程:http://t.cn/A6tmS3Aw
随着时间的变更,lammps版本提升、编译器更新等原因,本教程可能不会完全适用
1. 下载lammps最新稳定版源码包(可自行下载需要的版本的源码包:官方;github)
wget方式下载:
wget https://lammps.sandia.gov/tars/lammps-stable.tar.gz --no-check-certificate
解压:
tar -xzf lammps-stable.tar.gz
2. 安装编译lammps
编译环境加载:
- Intel开发套件(parallel_studio_xe_2018)加载,如我组服务器为:
source /opt/intel/parallel_studio_xe_2018/psxevars.sh
- 高版本GCC加载(如v_7.5.0,此处采用module方式加载),因为makefile是由GNU make编写
module load GCC/7.5.0
进入lammps安装目录:
cd lammps-29Oct20/src/
将DeePMD-kit中的lammps的模块文件拷贝至src/
下,如果采用conda安装deepmd-kit,则运行:
cp -r $CONDA_PATH/envs/$ENV_NAME/share/USER-DEEPMD .
其中$CONDA_PATH
为安装的anaconda或miniconda的路径,其中$ENV_NAME
为用conda安装deepmd-kit的虚拟环境的名称。conda安装deepmd-kit的步骤见教程
选择需要安装的package:
- 只安装deepmd-kit包 (此步目的是在lammps运行中可以调用deepmd类型的势函数文件)
make yes-kspace
make yes-user-deepmd
- 选择安装其它的包(如不需要,跳过此步)
如:make yes-kspace yes-manybody yes-molecule
或:make yes-std && make no-lib
相关命令,详情见官方手册:
make package-status # show which packages are currently installed
make ps # show which packages are currently installed
make yes-all # install all packages
make no-all # uninstall all packages
make yes-std # install standard packages
make no-std # uninstall standard packages
make yes-user # install user packages
make no-user # uninstall user packages
make yes-lib # install packages that require extra libraries
make no-lib # uninstall packages that require extra libraries
make yes-ext # install packages that require external libraries
make no-ext # uninstall packages that require external libraries
注意:有些软件包需要其它库依赖,无法安装,详情见官方手册
开始编译:
make -j 12 intel_cpu_intelmpi
其中的12
代表用12核cpu并行编译,若之前编译过或编译失败过,请在正式编译前运行make clean-all