fastq文件格式及质量控制

最新推荐文章于 2024-10-27 18:51:36 发布
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博客介绍了fastq文件格式，强调了质量控制在数据分析前的重要性。通过引用简书文章，提供了fastq格式的详细解释和质量控制的流程，指出GC含量异常可能需要数据过滤。推荐了相关博主的资源，适合学习数据分析。

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sra转换为fastq文件后，首先需要了解什么是fastq文件？

fastq文件格式介绍：

fastq格式文件及phred33的判断 - 简书

下载得到的公共数据，要进行质量控制，否则后面可能会出现比对率低的问题。

我使用的是fastq软件，具体的流程可以参考下面这篇徐州更的博客，非常详细！

质量控制：

转录组入门（3）：质量控制 - 简书

质控后我发现，这个数据的GC含量很异常，每个都是双峰

这就意味着需要对数据进行过滤

对于QC后的数据具体解读，可以参考：http://jingyan.baidu.com/article/49711c6149e27dfa441b7c34.html

下一篇介绍数据过滤

强烈推荐Y大神、jimmy以及徐州更的个人博客，有很多数据分析学习的内容

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转录组测序上游分析，fastq文件质控，Linux
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转自：http://ju.outofmemory.cn/entry/215236 fastq文件格式说明（wiki） FASTQ_format 维基百科NSC_2011_Illumina_fastqAndQC Illumina fastq 格式官方文档 fastq 文件质量控制 fastqc    CommandLine Demo：./FastQC/fastqc -o
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record.letter_annotations["phred_quality"] = [0] * len(record.seq) # 默认质量为0。print(record.letter_annotations["phred_quality"]) # 质量分数。FASTQ格式可以直接转换为FASTA格式，忽略质量信息。FASTA格式可以转换为FASTQ格式，默认质量分数为。
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