FASTQ文件质控

在代码语言中作为我们初学者能够将输入、代码、输出这三个要素了解透彻以及可以解决很多问题，因此在之后的学习我会强调这三个要素。

首先我们要明白质控的目的：

(1) 去除含接头的reads；

(2) 过滤去除低质量值数据，确保数据质量；

(3) 去除含有N（无法确定碱基信息）的比例大于5%的reads；

同时我们也可以主要排除是否核糖体RNA过多,获得我们读长的信息

测序得到的原始序列含有接头序列或低质量序列，为了保证信息分析的准确性， 需要对原始数据进行质量控制，得到高质量序列（即Clean Reads）

输入为：fastq文件同样它的压缩文件（.gz）也可以；输出为html文件（也就是网页文件），我们可以打开查看我们数据质控的细节

# 激活conda环境
conda activate rna

# 连接数据到自己的文件夹
cd $HOME/project/Human-16-Asthma-Trans/data/rawdata
ln -s /home/t_rna/data/airway/fastq_raw25000/*gz  ./

# 使用FastQC软件对单个fastq文件进行质量评估，结果输出到qc/文件夹下
nohup fastqc -t 6 -o ./ SRR*.fastq.gz >qc.log &

# 使用MultiQc整合FastQC结果
# 使用绝对路径运行
multiqc=/home/t_rna/miniconda3/envs/rna/bin/multiqc
fastqc=/home/t_rna/miniconda3/envs/rna/bin/fastqc
fq_dir=$HOME/project/Human-16-Asthma-Trans/data/rawdata
outdir=$HOME/project/Human-16-Asthma-Trans/data/rawdata

$fastqc -t 6 -o $outdir ${fq_dir}/SRR*.fastq.gz >${fq_dir}/qc.log
$multiqc $outdir/*.zip -o $outdir/ >${fq_dir}/multiqc.log