生信分析常用软件记录

最新推荐文章于 2024-07-09 09:43:12 发布
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分类专栏： NGS基础
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本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_42953727/article/details/97497947
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这篇博客记录了生信分析，特别是二代测序过程中常用的软件，包括R、BWA、samtools、Trimmomatic等，旨在帮助理解各软件功能及差异，促进对分析流程的深入理解。
摘要由CSDN通过智能技术生成

20190727，在学习二代分析的过程中，只是根据别人已经建好的轮子照抄照搬，并不能真正理解每一步为什么要用这个软件，以及软件之间的区别。因此今天记录一些生信分析过程（主要是二代测序）中常用的软件，若有时间去查看一下每个软件的功能、官方介绍和算法等。

不按顺序的杂乱记录
sd linux安装软件
R, tanperl5lib, augustus-3.3.2, bamtools-2.4.2, bedops_linux_x86_64-v2.4.36, bismark_v0.22.1,

boost_1_69_0, bowtie-1.2.2-linux-x86_64, BRAKER-2.1.2, circos-tutorials-0.67, clinEff-notinstalled,

cmake-3.13.4-Linux-x86_64, cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64, GapCloser-v1.12-r6, geneid-1.4.5,

GeneMark-ET-4.38, GFF3toolkit-1.4.4, gfftools-6bde56e, GlimmerHMM-3.0.4, lastz-1.04.00,

mauve_snapshot_2015-02-13, MUMmer3.23, mummer-4.0.0beta2, NGSQCToolkit_v2.3.3,

ngs-tools-master, novocraft-3.09.02, orthomclSoftware-v2.0.9, picard-tools-1.124, Quake,

RepeatMasker-4.0.8, rmblastn-2.2.28, snpEff_latest_core, snpEff-4.2, snpEff-4.3t, SOAPdenovo2-src-r240,

sratoolkit.2.9.2-centos_linux64, STAR-2.7.0e, st

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weixin_42953727
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05-30
本文概括了多种生信分析常用的软件及技术以及具体的用法，还包括有示例代码
常用生信分析软件
Azraelcc的专栏
11-02 2825
官网 源码 安装&使用 BWA http://bio-bwa.sourceforge.net/ https://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/ http://www.cnblogs...
DeepVariant：引领变异检测新时代
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03-11 1947
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生信分析例文
12-04
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生信分析论文套路R语言代码
12-05
TCGA GEO数据处理，基因注释，差异分析，GO，KEGG，GSEA富集分析，肿瘤突变负荷，免疫浸润，LASSO回归，随机森林，SVM-RFE，COX回归，WGCNA网络，共识聚类分析，药物敏感性分析，干性指数，免疫浸润指数，预后模型等...
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11-18
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11-18 5235
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今天要给大家安利一款超实用的科研数据库-sixoclock云平台。为了满足用户科研分析的多种需求，该平台的开发者创建的“流程协作”功能，能够轻松实现这一目的。用户仅需对单个软件拖拽，即可形成个性化定制的数据处理工作流程。 2019年末一场悄无声息的战争拉开序幕，名为新冠肺炎的病毒引发了全球健康危机，世界各地的人为此感到恐慌。许多国家实施了最为严格的人口流动管控政策，各大研究机构纷纷加入新冠病毒相关研究。尽管目前已经有相当有效的疫苗在很大范围的人群内接种，但由于新冠病毒突变速率之快，对它的研究仍然是
生信分析--入门实践一条龙的CWL中文教程
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生信分析--入门实践一条龙的CWL中文教程。关于下载安装所有中文教程，开始学习吧
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wangprince2017
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【文献阅读】生信论文中的数据分析
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对两篇生物信息学的文献中使用的降维方法进行摘录
零基础入门生信数据分析——导读
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02-14 2491
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Rys_Ben_Blogs
03-18 1834
make Common Workflow Language (CWL) CWL是一种描述命令行工具并将它们连接在一起以创建工作流的规范。 CWL文件使用YAML或JSON格式编写。调用形式一般为 cwl-runner [tool-or-workflow-description] [input-job-settings]，即工作流描述和输入文件作为参数提供给CWL运行器。 例1. cwl-runner echo.cwl echo_input.yaml #############################
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motif发掘生信分析工具meme suite软件的安装
06-13
Meme Suite 是一个用于 DNA、RNA 和蛋白质序列分析的软件套件，其中包括了多个有用的工具，如 Motif-based sequence analysis tools，Sequence alignment tools，Sequence database search tools 等等。在 Meme Suite 中，meme 软件是用来进行 Motif 发掘的工具之一。下面是 meme 软件的安装步骤： 1. 下载 Meme Suite 在 Meme Suite 的官网 https://meme-suite.org/ 下载最新版本的 Meme Suite。 2. 安装依赖 Meme Suite 需要依赖一些软件包和库，如 Perl、Python、GCC 等等。请根据您的操作系统和版本安装相应的依赖。 3. 解压 Meme Suite 将下载到的 Meme Suite 压缩包解压到您的本地目录。 4. 配置环境变量 将 Meme Suite 安装目录下的 bin 目录添加到系统的 PATH 环境变量中。 5. 测试安装 在命令行中输入 meme，如果出现了 Meme Suite 的帮助信息，则说明 Meme Suite 安装成功。 注意：在使用 meme 软件进行 Motif 发掘之前，您需要先准备好输入序列文件和背景序列文件，并且了解 meme 软件的命令行参数和使用方法。
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