Gromacs中遇到的各种报错以及警告合集

已于 2024-04-15 22:23:53 修改
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文章标签： 材料工程 模拟退火算法
于 2023-12-08 22:39:18 首次发布
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本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43011746/article/details/134888505
版权

警告

1.Bondtype Angle was defined previously

原因：CA N2 H3定义了两遍在forcefield.itp和ffbonded.itp文件中

解决方法：注销ffbond.itp中的此键

2.警告：

Atomtype Au+ not found

解决方法: 首先在atomtype.rtp中添加原子，然后还要在ffnobond.rtp文件中添加Esp和Beta的数据。

3.警告：

ERROR 1 [file tip3p.itp, line 7]:
  Atomtype opls_111 not found

就是这两个规则重复定义了，需要注释掉一个

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gromacs运行报错——不能自动生成更新后的top文件，解决方案
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05-15 1239
请注意，调整域分解的选项可能会对模拟的性能和计算结果产生影响，因此在进行更改之前，请确保充分测试和验证模拟系统。）用于设置域分解的大小。域分解的大小决定了每个域中包含的模拟系统的大小。较大的域分解大小可以提高并行计算的效率，但可能会增加内存的使用量。在遇到的错误消息中，建议更改域分解的选项或更改计算资源的数量（例如，更改使用的处理器核心数），以解决域分解不兼容的问题。例如，使用较小的值可以提高域分解的精度，但可能会增加计算开销。选项允许您调整域分解的参数，以便在给定的模拟系统和计算资源下获得更好的性能。
如何解决 “ 段错误(吐核) ” ？？？
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happylzs2008的专栏
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转自 :https://blog.csdn.net/weixin_42167759/article/details/87690380 一、段错误的形式： 在编程中以下几类做法容易导致段错误,基本上是错误地使用指针引起的。 1)访问系统数据区，尤其是往系统保护的内存地址写数据最常见就是给一个指针以0地址。 2)内存越界(数组越界，变量类型不一致等)： 访问到不属于你的内存...
By default, for Open MPI 4.0 and later, infiniband ports on a device are not used by default. The intent is to use UCX for these devices. You can override this policy by setting the btl_openib_allow_ib MCA parameter to true. Local host: infinity Local adapter: mlx4_0 Local port: 1 -------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------- WARNING: There was an error initializing an OpenFabrics device. Local host: infinity Local device: mlx4_0 -------------------------------------------------------------------------- :-) GROMACS - gmx pdb2gmx, 2023.2 (-: Executable: /public/software/gromacs-2023.2/bin/gmx_mpi Data prefix: /public/software/gromacs-2023.2 Working dir: /public/home/zkj/BSLA_in_Menthol_and_Olecicacid/run1 Command line: gmx_mpi pdb2gmx -f BSLA.pdb -o BSLA.gro -p BSLA_M_O.top -water spec -ignh ------------------------------------------------------- Program: gmx pdb2gmx, version 2023.2 Source file: src/gromacs/commandline/cmdlineparser.cpp (line 271) Function: void gmx::CommandLineParser::parse(int*, char**) Error in user input: Invalid command-line options In command-line option -water Invalid value: spec For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
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