我在学习16扩增子分析过程中,使用了该外接硬盘,觉得非常适合初学者,有很好的指导意义,在此与和我一样的初学者分享我的使用体会。
随着高通量测序费用的不断降低,微生物的扩增子测序分析已经应用到了各个学科当中。但很多从事其它学科的学生对16s扩增子测序的分析并不十分熟悉,因此网络上出现了很多教程和视频来帮助初学者进行学习。尽管如此,学习这些教程有一个前提,那就是首先得拥有一个可以进行分析练习的平台。获取分析平台可以有多种途径:
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安装虚拟机来练习,其实安装虚拟机练习扩增子测序分析是最便宜的选择。但虚拟机运行对计算机内存和CPU的性能要求较高,否者分析的时间会较长,不能充分发挥出计算机的硬件性能
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自己搭建,自己安装linux系列的操作系统,安装qiime软件等其它需要的诸多分析软件,对一个初学者而言往往要消耗大量的时间在这个准备阶段。而且还需要配置一个额外的电脑或者安装双系统,前者需要耗费较多的资金,后者则有影响自己工作系统的风险。
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购买公司服务器,这个方案最方便,性能也最好,不过需要花费较多的金钱。如果课题组能够报销,这是一个不错的选择。不过它也有一定的缺点,比如上传文件到服务器要看网速,一般16s的数据都是GB级别的,如果网速太慢,上传和下载都不太方便。而且服务器的使用一般有一定时限,一年过去后又要重新付款。
当理想与现实有落差时就产生了需求,有需求就会有人去提供服务来满足这种需求。那有没有一种性价比高的选择方案呢?这个分析硬盘是对以上三个方案进行的折中,非常适合初学者入门使用。特点如下:
- 该硬盘已经将需要使用的系统和软件都安装完成,无需在进行繁琐的前期准备工作,节约大量的时间。可以将更多的精力集中在后续的分析学习中。
- 在分析性能上能相当于自己在电脑中安装的系统,能充分发挥电脑的硬件性能,不会像虚拟机那样只能使用一部分的计算资源。分析性能与公司提供的服务器有一定差距,这受我们的电脑的CPU和内存的限制,但对于16s的分析已经完全够用了。
- 它可以在任意一台电脑(需要支持UEFI启动,近十年来电脑都支持)上运行。办公室的台式机,出差的轻薄本,宿舍的游戏本,好朋友的MACBOOK都可以运行。
- 硬盘中也提供一些基本的分析教程,从ATGATTAG这样的序列分析到alpha和beta多样性,保证入门16s分析。如果需要做功能基因的分析,其实流程都是一样的,只需更换相应的对比数据库即可。在价格上可以说非常划算了,相当于拥有了一个属于自己的分析平台。
补充一下该分析硬盘涉及的一些电脑小常识哈:
1.电脑是如何启动的?
电脑的系统(win10/ios/linux等)都是储存在硬盘上的,当开机时电脑会根据主板BIOS中设置的启动顺序(harddisk、usb、CD、network)进行启动。当harddisk为第一启动项时,电脑就会直接启动安装在电脑里面的硬盘(也就是我们自己的系统)。当我们把USB设置为第一启动项时,电脑就会识别U盘里面的系统(也就时这个硬盘的系统啦,有USB转接头的),然后加载到内存中,供CPU读取。
2.为什么Ubuntu系统(Linux)可以任意更换电脑进行USB启动,而Windows不行?
因为Ubuntu不像Windows那样会存在驱动不兼容的问题。比如说,对Windows系统而言,A硬盘在A电脑中运行后,放在B电脑后会因为驱动不兼容的原因造成系统崩溃,无法正常启动。但对于基于Linux的Ubuntu系统而言,因为Linux是开源免费的,就不会存在驱动不兼容的问题,因而可以在很多的电脑上正常运行,非常适合使用USB启动。
3.USB启动该硬盘会影响原来的硬盘的系统吗?
当然不会,使用USB启动这个扩增子分析硬盘后,电脑上的硬盘就相当于插进去的U盘了,只要自己不随意删除这个“U盘”里面的文件自然不会有任何影响。