bsseq 进行差异甲基化分析

bsseq 主要用来分析WGBS的数据, 安装过程如下

source(“http://bioconductor.org/biocLite.R“)
biocLite(“bsseq”)

bsseq的分析主要包括以下4步：

1. 读取原始数据
2. BSmooth
3. t-test检验
4. DMR

1. 读取原始数据

bsseq要求的原始数据格式如下：

共6列数据，制表符分隔，每一行代表一个甲基化位点，前5列很好理解，描述甲基化位点的染色体位置和类别，默认情况下bbseq用于分析CpG类型的甲基化位点。当然其他类型的数据，比如CHG, CHH也支持，但是需要调整参数。Cov代表覆盖到这个位点的reads数，M代表其中发生了甲基化的reads数目。

每个样本一个这样的原始数据，用来表示该样本methylation calling