HLAminer:根据NGS数据确定HLA分型结果

欢迎关注"生信修炼手册"！

PCR-SBT方法是世界卫生组织WHO推崇的HLA 分型的金标准，其实就是指的直接测序，无论是WGS, WES, RNA_seq 数据都可以。近几年来涌现了很多的软件，支持从NGS测序数据直接确定HLA Allel, HLAminer 就是其中之一。

官网如下：

https://github.com/warrenlr/HLAminer

安装过程如下：

wget https://github.com/warrenlr/HLAminer/releases/download/v1.3.1/HLAminer-1.3.1.tar.gz
tar xzvf HLAminer-1.3.1.tar.gz
cd HLAminer-1.3.1/HLAminer_v1.3.1/

下载解压即可，软件目录结构如下：

├── bin
├── database
├── database_bwamem
├── docs
└── test-demo

bin目录下就是所有的可执行脚本，database目录下是所有的数据库文件，包含HLA CDS序列，HLA 基因序列，不同HLA Allel共享的蛋白结构域文件，在database目录下还有对应的bash脚本，可以用于更新数据库。

该软件的架构如下：