HLA分型的摸索史

最新推荐文章于 2024-02-06 10:55:16 发布
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分类专栏： 生物信息分析 回顾
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本文链接：https://blog.csdn.net/Cassiel60/article/details/89394940
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HLA系统是人体最复杂的多态系统，与多种疾病关联。本文介绍了HLA分型的方法，包括一代测序和二代测序，以及使用HLA分型试剂盒和软件。HLA-B*27:04与强直性脊柱炎相关，通过比对和特定软件处理，可以确定HLA分型。
摘要由CSDN通过智能技术生成

HLA(human leukocyte antigen ，人类白细胞抗原)是人类的主要组织相容性复合体（MHC）的表达产物，该系统是目前所知人体最复杂的多态系统。通过HLA的分型，可以找到疾病的原因，比如免疫系统疾病，超过90%的强直性脊柱炎患者，HLA-B*27抗原表达为阳性，最常见的就是HLA-B*27:04是致病风险亚基。要查看HLA相关的分型的临床表现，可以去SNPedia查看。

HLA-alleles提供了每个HLA区域的分型表

比如：HLA-B的分型

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爱笑的小牙
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HLA 分型软件 uTYPE6.0的 说明书
08-27
HLA 分型软件 uTYPE6.0的 说明书用于 HLA 骨髓配型鉴定
hla 软件
03-26
The art of Assembly language 使用的HLA编辑器<br>windows版
HLAscan的HLA分型探索
zd200572的博客
10-21 939
发现这个软件之前的官网已经打不开，但是在github上仍然在更新，https://github.com/SyntekabioTools/HLAscan或许是换了工作？最近一次更新是2019.12.4，还是比较新的。发现wegene的NGS HLA分型报告是用的这个软件的参考文献，估计还是权威些的。 软件使用方法也有了一些变化，之前只是一个脚本，现在直接编译成了一个独立的可执行文件，运行效率应该也有很大的提高。也省去安装的繁琐。AMD YES的4700U也能跑得动，不错！ 安装和运行 # 下载软件 wget
HLAminer:根据NGS数据确定HLA分型结果
庐州月光的博客
07-18 1741
欢迎关注"生信修炼手册"！PCR-SBT方法是世界卫生组织WHO推崇的HLA 分型的金标准，其实就是指的直接测序，无论是WGS, WES, RNA_seq 数据都可以。近...
HLA-LA进行HLA分型
zd200572的博客
10-13 1108
1.软件安装和数据库准备 继续conda，解决软件安装难题，也不需要挑战有些门槛的docker。 # 安装 conda install hla-la # 数据库下载 cd ~/miniconda3/opt/hla-la/ mkdir graphs wget http://www.well.ox.ac.uk/downloads/PRG_MHC_GRCh38_withIMGT.tar.gz tar -xvzf PRG_MHC_GRCh38_withIMGT.tar.gz # 数据库索引，这步要耗30
Polysolver预测HLA分型原理及测试
weixin_41869644的博客
01-09 2723
1.什么是HLA： HLA(human leukocyte antigen ，人类白细胞抗原)是人类的主要组织相容性复合体（MHC）的表达产物，该系统是所知人体最复杂的多态系统。自1958年发现(Jean Dausset)第一个HLA抗原，到20世纪70年代，HLA便成为免疫遗传学、免疫生物学和生物化学等学科的一个重要新兴研究领域。已基本弄清其系统的组成、结构和功能，阐明了其理化性质和生物学作用...
HLA分型技术学习教案.pptx
09-30
HLA分型技术学习教案.pptx
HLA分型技术pcr sspPPT学习教案.pptx
10-07
HLA分型技术pcr sspPPT学习教案 本文档主要讲解HLA分型技术的基本概念、原理和应用，涵盖了HLA的历史、结构、功能、遗传特征、命名规则、分型方法和临床应用等方面。 一、HLA的历史和基本概念 HLA（Human ...
HLA分型技术学习课程.pptx
09-30
HLA分型技术学习课程.pptx
hla.rar_HLA_hla vc
09-24
**HLA（High-Level Assembler）** HLA（High-Level Assembler）是一种高级汇编语言，由Randall Hyde创建，旨在提供与高级编程语言相似的结构和抽象，同时保留汇编语言的底层控制和效率。它允许程序员使用类似于C或...
sangeranalyseR:分析R中Sanger测序读数的功能
05-01
桑格分析 文档：[] sangeranalyseR现在在bioRxiv上[ ]。 如果您在已发表的作品中使用sangeranalyseR，请引用 赵宽豪，柯斯顿·巴顿，莎拉·帕尔默，罗伯特·兰菲（2020）。 sangeranalyseR：R中的Sanger测序数据的简单交互分析，bioRxiv 2020.05.18.102459； 土井： :
HLA分型
qq_23435961的博客
01-13 1937
HLA分型 一、根据WES的tumor数据进行数据分型 选用hlahd 软件安装及使用 [root@18605fd8771e ~]# wget https://jaist.dl.sourceforge.net/project/bowtie-bio/bowtie2/2.4.1/bowtie2-2.4.1-linux-x86_64.zip [root@18605fd8771e ~]# unzip bowtie2-2.4.1-linux-x86_64.zip && mv bowtie2-2.4.1
SNPedia上面的HLA分型
kristoff的博客
09-17 2658
[转载]（https://www.snpedia.com/index.php/HLA） ...
HLA数据分析专题
庐州月光的博客
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欢迎关注”生信修炼手册”!HLA 全称human leukocyte antigen, 表示人类白细胞抗原，是编码主要组织相容性复合体(MHC)的基因，位于6p21.31的区域，包含了一...
RNA-seq数据分析_未完成
最新发布
Rys_Ben_Blogs
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seq2HLA:利用RNA_seq数据进行HLA分型
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07-20 845
欢迎关注"生信修炼手册"！对于不同的HLA Allel来说，exon2和exon3 序列的差异性尤为明显，很多的HLA 分型软件都会根据这部分序列，整理出HLA Alle...
常见的HLA分型软件及其原理
05-26
常见的HLA分型软件有以下几种： 1. OptiType：基于k-mer的HLA类型推断软件，通过对比对后的测序数据进行HLA序列比对，基于k-mer频率的概率模型进行HLA类型推断。 2. HLAminer：使用BLAST算法对测序数据与HLA参考序列进行比对，通过对比对结果进行HLA类型推断。 3. HLA-VBSeq：使用Bayesian方法对测序数据进行HLA类型推断，同时考虑了HLA基因型的外显子相对位置信息。 4. POLYSOLVER：使用基因组广泛性的HLA序列库进行HLA类型推断，同时通过对HLA外显子的SNP和InDel进行分析，提高HLA分型的准确性。 这些软件的HLA类型推断原理不尽相同，但通常都需要进行以下几个步骤： 1. 比对：对测序数据与HLA序列库进行比对，得到HLA外显子序列。 2. 特异性过滤：对比对结果进行过滤，去除与HLA序列相似但不属于HLA基因的序列。 3. HLA基因型推断：根据HLA基因的特征序列（如多态性位点）进行HLA基因型推断，通常使用的是统计模型或贝叶斯模型。 需要注意的是，不同软件对HLA基因型的推断准确性和计算效率有所不同，具体选择哪种软件需要根据实际情况进行评估。
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