HLA分型

HLA分型

本文档只介绍两种HLA分型方法：1、hlahd对肿瘤组织的WES数据分型；2、seq2HLA对肿瘤组织的RNA-seq数据分型。个人认为hlahd分型更准确一些。

一、根据WES的tumor数据进行数据分型

选用hlahd

软件安装及使用

[root@18605fd8771e ~]# wget https://jaist.dl.sourceforge.net/project/bowtie-bio/bowtie2/2.4.1/bowtie2-2.4.1-linux-x86_64.zip
[root@18605fd8771e ~]# unzip bowtie2-2.4.1-linux-x86_64.zip && mv bowtie2-2.4.1-linux-x86_64.zip /usr/local/bowtie2
#使用时将bowtie2加入到环境变量echo "export PATH=/usr/local/bowtie2:$PATH"
#hlahd下载地址<https://www.genome.med.kyoto-u.ac.jp/HLA-HD/filedownload/>
#账号&