HLAreporter : HLA分型软件简介

本文介绍了HLAreporter软件,它基于高通量测序数据进行HLA分型,提供高达9位的高分辨率结果。通过比对CRP数据库并使用特定脚本,该软件能识别HLA Allel并估算其在不同人群中的频率。HLAreporter支持11个HLA基因的分型,优于同类软件HLAminer。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

欢迎关注"生信修炼手册"

在前面的文章中,我们详细介绍了HLA Allel的命名格式,示意图如下

从示意图可以看出,一个HLA Allel 可以分成四个字段,在加上最后的修饰后缀,共5个字段;在定义HLA 分型结果的分辨率时,会根据分型结果的最大位数来判断,如果只给出了字段一,即血清学分类的信息,代表是2位的分型结果;如果最多给出了字段二,即对应的蛋白信息,代表是4位的分型结果;如果最多给出了字段三,即CDS区信息,代表是8位的分型结果;如果分型结果给出了最后的后缀,代表是9位的分型结果。

HLA分型的技术手段很多,比如芯片,高通量测序等;不同手段识别到的HLA Allel 分辨率不同,如果只能给出2位的分型结果,则属于低分辨率;如果给出4位分型结果,属于中分辨率;能够给出8位或以上分型结果,属于高分辨率。

本篇文章主要介绍HLA  reporter 软件,该软件可以利用高通量测序的结果进行HLA 分型。其分型结果分辨率高,最多可到9位。下图是该软件与其他同类软件的比较结果

可以看到,在测试样本中,HLArepo

评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值