Dfam:真核生物转座元件数据库

最新推荐文章于 2025-01-08 20:18:12 发布
最新推荐文章于 2025-01-08 20:18:12 发布
阅读量1.8k 收藏 3
点赞数
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/108079202
版权

欢迎关注”生信修炼手册”!

Transposable elements 转座元件占真核生物基因组很大一部分，对转座元件的精确注释有助于研究其生物学特性，揭示基因组的进化过程。

Dfam数据库对多个真核生物的转座元件进行多序列比对，构建了转座元件的家族信息。官网如下

http://www.dfam.org/

目前最新版本为Dfam 2.0, 对于每个家族，以DF编号唯一标识，示意图如下

Dfam同时还提供了一个隐马尔可夫模型，可以用于序列比对，下载地址如下

http://www.dfam.org/web_download/Release/Dfam_2.0/

和Dfam类似，还有一个Dfam Consensus 数据库，该数据库对基因组上的重复序列进行了详细分类，链接如下

http://www.dfam-consensus.org/#/public/te_classes/

Low_Complexity代表低复杂度序列

最低0.47元/天 解锁文章
TransposonPSI——转座子分析的入门自学
weixin_34348805的博客
06-01 2681
最近需要做转座子分析，查找发现可以使用TransposonPSI 来进行分析。但是登陆官网，该软件 update 时间为 2013 年，但是因为时间紧迫，暂时还没有进行其他方法的调研，所以先选用该软件进行了分析。 一、TransposonPSI 安装及使用 1. TransposonPSI 安装 官网： http://transposonpsi.sourceforge.net 下载地址：...
Dify中的weaviate向量数据库操作
NLP工程化
07-09 6740
要搞清楚数据在postgre，redis和weaviate中的增删改查，深刻理解Dify操作过程和实现过程。
植物基因组中微型反向重复转座元件(MITE)研究进展
02-22
植物基因组中微型反向重复转座元件(MITE)研究进展，孙海悦，张志宏，微型反向重复转座元件(miniature inverted repeat transposable element, MITE)是一类特殊的转座元件，其在结构上与有缺失的DNA转座子相似，但具有反
Dfam-转座元件TEs数据库
weixin_56827666的博客
05-05 803
昨天安装RepeatMasker(http://www.repeatmasker.org/RepeatMasker/)这个软件时，官网上提到了两个数据库，一个是Dfam，一个是RepBase，这两数据库都与RepeatMasker一起使用，通过全基因组搜索来识别与数据库中存在同源的序列进行基因组的重复序列注释。第一次见这两个数据库，只好去学习一下，顺便学习了转座元件(TEs)的概念，见公众号文章。先学习一下DfamDfam (http://www.dfam.org/)是一个较RepBase更“年轻”的真核生
RepeatMasker数据库更新（Dfam3.6数据库与RepBase的合并）解决 famdb.py：TypeError: ‘NoneType’ object is not iterable报错问题
weixin_45045809的博客
09-22 4149
RepeatMasker数据库更新（Dfam3.6数据库与RepBase的合并）解决 famdb.py：TypeError: 'NoneType' object is not iterable报错问题
转座子类型
weixin_33984032的博客
09-18 1321
转座因子或转座子是一类在很多后生动物中（包括线虫、昆虫和人）发现的可移动的遗传因子。 一段DNA顺序可以从原位上单独复制或断裂下来，环化后插入另一位点，并对其后的基因起调控作用，此过程称转座。这段序列称跳跃基因或转座子。   转座因子（transposable element，TE）是细胞中能改变自身座位的一段 DNA 序列，可从复制子的一个座位跳跃到另一个座位，也可从同一个细胞的一个复制子跳...
转座子注释
weixin_58269397的博客
04-19 1994
也可使用在线网站# 进入conda环境sudo supassword# 运行# pepalldo。
去趋势波动分析 (DFA)：运行 DFA 的函数和示例-matlab开发
05-29
在金融、物理学、生物学、地球科学等多个领域都有广泛应用。MATLAB作为一种强大的数值计算和可视化工具，是实现DFA的理想平台。 在MATLAB中，执行DFA通常涉及以下几个步骤： 1. **数据预处理**：首先，你需要加载...
mdfa:用于创建确定性有限自动机的模块
07-02
例如以下 DFA： /* This DFA accepts the binary input which has an even number of zeros states: S1, S2 alphabet: 0, 1 start: S1 accept: S1 transition table: |---|---|----| | | 0 | 1 | |___|___|____| ...
DFA.rar_DFA 序列_dfa 时间序列_matlab DFA_site:www.pudn.com_时间序列dfa
09-23
在众多领域，如金融、物理学、生物学、地质学等，DFA被广泛应用来揭示数据中的内在规律和结构。它通过去除时间序列的趋势成分，对残差进行分段平均，然后计算不同长度段的波动幅度，从而评估时间序列的长期自相关性...
transposon_annotation_reasonaTE:转座子注释工具“ resonaTE”（TransposonUltimate的一部分）
03-12
转座子注释者“ reasonaTE” 转座子注释工具，用于注释转座子，转座子特征蛋白和转座子的结构元件。 原因是一部分。 输入：基因组程序集（FASTA文件）。 输出：很多转座子注释（GFF3文件）。 安装 作为安装： conda install -c derkevinriehl transposon_annotator_reasonate 注意：否则，您可以在此Github存储库中找到所有源代码。 如何使用''reasonaTE'' 步骤1）建立专案 mkdir workspace reasonaTE -mode createProject -projectFolder workspace -projectName testProject -inputFasta sequence.fasta 步骤2）用注释工具注释基因组为了使用不同的注释工具注释基因组，存在三种可能的方法。
hmmer3.0_windows.zip
04-11
隐马尔科夫模型，分析生物序列，可以用来识别蛋白结构域
转座子的类型与转座机制
朱晓莹sunny的博客
10-24 5765
随着测序技术的快速发展，测序的成本逐渐降低，越来越多生物的基因组被发表和公布。人们对各种生物的基因组信息进行分析后发现，几乎所有的真核生物基因组中都含有转座子，并且转座子在许多生物的基因组中都占据了非常大的部分。另外，人们还惊奇地发现，转座子的多样性极高，仅在植物中就可能有成千上万种转座子家族，它们甚至可以占据整个基因组的80%以上。因此，在正式介绍转座子的功能以前，我们有必要仔细捋一捋转座子的分类。
RepeatModeler2.0.4的安装和使用（包含RepeatMasker安装）-2023.07更新
weixin_45045809的博客
07-19 4955
本教程安装软件版本：rmblast 2.14.0+，TRF 4.10，RECON，RepeatScout 1.0.6，RepeatMasker 4.1.5，GenomeTools 1.6.2，LTR_Retriever v2.9.6，Ninja 0.95-cluster_only， MAFFT 7.453，CD-HIT 4.8.1 )*-families.stk : Seed alignments，可以提交到 Dfam 数据库的Stockholm-formatted文件。
01.基因组注释笔记——RepeatMasker使用记录
最新发布
面对问题，解决问题
01-08 2259
根分区，包含哺乳动物、变形虫、细菌、选择性吞噬虫、红藻、Haptista、Metamonada、真菌、Sar、Placozoa、Ctenophora（合胞体水母）、Filasterea、Spiralia、Discoba、刺胞动物、Porifera（海绵）、病毒等。Repbase 是一个商业数据库，包含了大量的重复序列数据，包括它们的分类、分布和序列，这些数据被广泛用于基因组注释，特别是在识别和掩蔽基因组中的重复元素。（5） 重复序列数据库，RepeatMasker 可以使用自定义库或直接使用 Dfam。
RepeatMasker安装和使用经验（自用）
hanging_cloud的博客
07-25 4041
省流：1、步步按照官网流程安装；2、trf/RMBlast/HMMER等可以用conda安装，但RepeatMasker不要用conda装；3、注意RepeatMasker版本和Dfam数据库版本的匹配性，官网有写；4、注意把RepeatMasker文件夹添加到环境变量中。
注释怎么看_基因组重复序列注释repeatmask&repeatmodeler
weixin_39603357的博客
01-11 2133
重复序列注释我两年前做过一次，这次用同样的软件，还是出了很多问题，折腾了快一个月，现在的结果才算说的过去，这里总结一下这一阶段遇到的问题。Repeatmasker不同的重复序列数据库对重复序列注释的结果有很大的影响。repbase是收费的，但是会注释出相对更全的重复序列。CONS-Dfam_3.0数据库：RepeatMasker version open-4.0.9 Search Engine: ...
安装RepeatMasker
高锦的博客
07-25 3688
RepeatMasker安装
重复序列注释软件
weixin_30265103的博客
04-29 604
Repeats are computationally difficult to detect and annotateab initiobecause of their abundance, varied features/sequence signatures, many length variants (truncated versions) and clade specificity....
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值