TransposonPSI——转座子分析的入门自学

最近需要做转座子分析，查找发现可以使用 TransposonPSI 来进行分析。但是登陆官网，该软件 update 时间为 2013 年，但是因为时间紧迫，暂时还没有进行其他方法的调研，所以先选用该软件进行了分析。

一、TransposonPSI 安装及使用

1. TransposonPSI 安装

官网： http://transposonpsi.sourceforge.net

下载地址：https://sourceforge.net/projects/transposonpsi/

压缩包非常小，只有 10M 左右，解压后修改主角本 transposonPSI.pl 中三个软件的路径（blastall, formatdb, blastpgp），即可食用。

目录结构：

README
docs/
PerlLib/
scripts/
transposon_ORF_lib/
transposon_PSI_LIB/
misc/
transposonPSIcreate/
TransposonWeb/
transposonPSI.pl
test/

 2. TransposonPSI 使用入门

直接进入 test 目录，执行 runMe.sh 即可进行测试，非常简单。查看 runMe.sh 发现，输入文件是我们需要进行分析的数据序列，nuc 表示核酸序列，prot 表示蛋白序列。

if [ -e target_test_genome_seq.fasta.gz ] && ! [ -e target_test_genome_seq.fasta ]
then
    gunzip target_test_genome_seq.fasta.gz
fi

../transposonPSI.pl target_test_genome_seq.fasta nuc

runMe.sh

 

二、TransposonPSI 流程解读

对 transposonPSI.pl 进行 Linux 脚本复现

cd /Transposon/div_step/
if [ -d tmp ]
then
        rm -rf tmp
fi

mkdir tmp
cd tmp
ln -s ../target_test_genome_seq.fasta
/software/blast-2.2.26/bin/formatdb -i target_test_genome_seq.fasta -p F

cd /Transposon/div_step/tmp

TPSI_list=(
cacta
DDE_1
gypsy
hAT
helitron
ISa
ISb
isc1316
line
ltr_Roo
mariner_ant1
mariner
MuDR
P_element
piggybac
TY1_Copia
TyrRecombinaseCrypton
)

for int in {
    0..16}
do
        name=${TPSI_list[$int]}
        /software/blast-2.2.26/bin/blastall -i /Transposon/TransposonPSI_08222010/transposon_PSI_LIB/$name.refSeq -d target_test_genome_seq.fasta -p psitblastn -R /Transposon/TransposonPSI_08222010/transposon_PSI_LIB/$name.chk -F F -M BLOSUM62 -t -1 -e 1e-5 -v 10000 -b 10000 >target_test_genome_seq.$name.psitblastn
        /Transposon/TransposonPSI_08222010/scripts/BPbtab </Transposon/div_step/tmp/target_test_genome_seq.$name.psitblastn> /Transposon/div_step/tmp/target_test_genome_seq.$name.psitblastn.btab
done

cat /Transposon/div_step/tmp/*btab | sort -rn -k13 >/Transposon/div_step/target_test_genome_seq.TPSI.allHits

cd /Transposon/div_step/
perl /Transposon/TransposonPSI_08222010/scripts/TBLASTN_hit_chainer.pl target_test_genome_seq.TPSI.allHits btab >target_test_genome_seq.TPSI.allHits.chains
perl /Transposon/TransposonPSI_08222010/scripts/TPSI_btab_to_gff3.pl target_test_genome_seq.TPSI.allHits.chains >target_test_genome_seq.TPSI.allHits.chains.gff3
perl /Transposon/TransposonPSI_08222010/scripts/TBLASTN_hit_chainer_nonoverlapping_genome_DP_extraction.pl target_test_genome_seq.TPSI.allHits.chains >target_test_genome_seq.TPSI.allHits.chains.bestPerLocus
perl /Transposon/TransposonPSI_08222010/scripts/TPSI_chains_to_gff3.pl target_test_genome_seq.TPSI.allHits.chains.bestPerLocus >target_test_genome_seq.TPSI.allHits.chains.bestPerLocus.gff3

work.sh

1. 格式化序列数据库

这是 blast 比对的首要步骤，这里我就不多介绍了，详细的参数和使用说明很多大佬都有介绍，使用时百度即可。