COG:直系同源蛋白数据库

COG是cluster of orthologous group的缩写,源于1997年,基于7个细菌物种的蛋白序列进行分类,用于研究同源蛋白的功能和进化。随着技术发展,COG概念拓展到KOG、arCOG、POG和NCVOG等,涵盖不同生物域。官网提供下载功能,包含分类信息、详细描述、蛋白-COG对应关系及蛋白序列。利用COG数据库,可鉴定蛋白质功能。
摘要由CSDN通过智能技术生成

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为了研究不同物种间保守的蛋白功能,进一步揭示其进化关系,1997年的时候科学家选取了七个完整基因组的蛋白序列,根据序列和功能相似性,将这些蛋白进行了分类。这个分类叫做cluster of orthologous group,简称COG。每个COG是一组同源蛋白的集合,具有相同的生物学功能。 官网如下

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/

构建原始的COG使用的蛋白序列来自以下7个物种

  1. E.coli

  2. H.influenzae

  3. M. genitalium

  4. M. pneumoniae

  5. Synechocystis sp.

  6. M. jannaschii

  7. S. cerevisiae

可以发现,这些物种都是细菌。所以COG这个概念指的是细菌中的同源蛋白。

随着测序技术的发展,越来越多的物种拥有了完整的基因组序列。2003年的时候,又根据66个细菌物种的蛋白序列,对之前的COG结果进行了补充和拓展。

同时将orthologous group 的概念推广到了真核生物中,根据7个真核生物的蛋白序列构建了真核生物中的同源蛋白簇, 全称为eukaryotic orthologous groups, 简称KOG。

之后又陆续在不同类型的物种中建立起相关的同源蛋白簇。古菌中的同源蛋白簇简称为arCOG, 噬菌体中的同源蛋白簇简称为POG,感染真核生物的病毒中的同源蛋白簇简称为NCVOG,巨型病毒的同源蛋白簇简称为mimiCOG。

在官网上&

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