使用Clustal进行多序列比对

最新推荐文章于 2025-03-04 18:28:19 发布
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Clustal是一款经典的多序列比对工具，适用于DNA、RNA和蛋白质的全局比对。最新版Clustal Omega提供命令行接口，适合大规模序列比对，支持多种输出格式。用户可以通过命令行操作或使用EBI提供的在线服务，后者还提供进化树可视化功能。全局比对通过插入碱基使序列对齐，与Blast的局部比对不同。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

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多序列比对在保守区域鉴定，系统发育分析，motif识别等多个领域发挥重要作用，是生物信息数据分析必备的基础技能之一。Clustal是一款经典的多序列比对工具，支持DNA, RNA, 蛋白质的比对。官网如下

http://www.clustal.org/

clustal 有两个版本可用，之前的版本同时提供了GUI和命令行两种工具，GUI版的叫做ClustalX, 命令行版叫做ClustalW; 最新版本叫做Omega, 只提供了命令行版。

最新本的omega比对准确度更高，而且速度更快，适合几千条规模的多序列比对，该软件目前只提供了命令行版本。在官网上，提供了源代码和编译好的二进制文件

通常情况下，直接下载对应的二进制可执行文件就行了。软件的基本用法如下：

clustalo -i seq.fasta > align.fa

-i指定输入的序列文件，默认输出结果打印在屏幕上，可以重定向到指定文件中。该软件支持多种格式的输出

  1. fasta

  2. clustal

  3. msf

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