使用Clustal进行多序列比对

最新推荐文章于 2024-06-11 07:30:00 发布
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多序列比对在保守区域鉴定，系统发育分析，motif识别等多个领域发挥重要作用，是生物信息数据分析必备的基础技能之一。Clustal是一款经典的多序列比对工具，支持DNA, RNA, 蛋白质的比对。官网如下

http://www.clustal.org/

clustal 有两个版本可用，之前的版本同时提供了GUI和命令行两种工具，GUI版的叫做ClustalX, 命令行版叫做ClustalW; 最新版本叫做Omega, 只提供了命令行版。

最新本的omega比对准确度更高，而且速度更快，适合几千条规模的多序列比对，该软件目前只提供了命令行版本。在官网上，提供了源代码和编译好的二进制文件

通常情况下，直接下载对应的二进制可执行文件就行了。软件的基本用法如下：

clustalo -i seq.fasta > align.fa

-i指定输入的序列文件，默认输出结果打印在屏幕上，可以重定向到指定文件中。该软件支持多种格式的输出

  1. fasta

  2. clustal

  3. msf

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clustalx 核酸序列比对程序
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这是多重序列比对程序的Windows版本。Clustal X为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。 序列将显示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比对中加亮保守区的特征。窗口上面的下拉菜单可让你选择传统多重比对和轮廓比对需要的所有选项。 你可以剪切、粘贴序列以更改比对的顺序；你可以选择序列子集进行比对；你可以选择比对的子排列(Sub-range)进行重新比对并可插入到原始比对中；可执行比对质量分析，低分值片段或异常残基将以高亮显示。
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【生信MOOC】生物序列比对工具——多序列比对
weixin_40695088的博客
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Clustalx 多重序列比对图解教程(By Raindy)
SHMILYRINGPULL的专栏
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软件简介: 　　CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。Clustal X为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。 　　序列将显示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比对中加亮保守区的特征。窗口上面的下拉菜单可让你选择传统多重比对和轮廓比对需要的所有选项。 主要功能： 　　你可以剪切、粘贴序列以更改比对的顺序； 　　你可以选择序列子集
Clustal Omega Unix安装经历
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核心问题是安装时，发现它需要argtable2，从源码make install argtable2后通过CFLAGS赋予argtable2/include路径时，报C编译器错误，网上基本都是说gcc版本问题，但尝试均无果，借此记录下解决过程与方法。#Clustal Omega源代码地址：http://www.clustal.org/omega/#Documentation。这是生信中经典的序列比对软件/代码，许多模型都使用了它，比如Tranception+Retrieval。
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多序列比对 clustal X1.81
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clustal多序列比对汉化版
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【CSharp + JSON】序列化与反序列化基类集合中的子类对象
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生物信息之多序列比对，进化树分析，保守位点分析
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序列下载与整理 网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene 下载fasta格式序列 输入你想查找的序列，比如Syp基因 进入基因详细信息页面 点击Genbank 如图所示可以下载到fasta格式的序列，注意这里下载的是基因或者蛋白质的全序列 假如你希望得到promoter的基因，可以在如图所示的位置输入起始位点和终止位点一般promoter的位点不确定，可以通过将起
clustalw序列比对_你还在用ClustalW做多序列比对？OUT了
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生物信息学跟计算机一样，更新换代都是比较快的，还不能说当年我们用的经典软件，可能在现代来说已经过时了，因而与时俱进对于生物信息人员来说是很重要的。当我们尝试使用EBI上的在线工具ClustalW2进行比对时，我们发现他已经光荣的退役了。网站推荐做蛋白序列的多序列比对建议使用Clustal Omega(https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/)做核酸序列多序...
生物信息学（2）——双序列比对之Smith-Waterman(SW)算法详解
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1. SW 算法简介 Smith-Waterman 算法是由 Temple F. Smith 和 Michael S. Waterman 两人在 1981 年提出来的，是 Needleman-Wunsch 算法的改良版，通过算法的比对，能获 取到局部最优解。SW 算法罚分规则如下: SW 算法罚分规则如公式 以罚分规则为基础，得分矩阵的公式如下，可以看到，和上篇介绍的NW算法相比，最大的改变是，多了一个0。这样做就可以杜绝得分矩阵中的负数。 获取得分矩阵后，找全局最大的值，在此点往左上回溯，到0停止，然
3、通过Tcoffee对data文件夹中的6个.pdb文件进行多序列比对，并与Clustal算法对data文件夹中的6个.fasta序列进行多序列比对的结果进行比较
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以下是使用Tcoffee和Clustal对data文件夹中的文件进行多序列比对的步骤和结果比较： ## Tcoffee进行多序列比对 1. 安装Tcoffee软件，命令行输入t_coffee -version确认是否安装成功。 2. 将data文件夹中的6个.pdb文件拷贝到一个新的目录中。 3. 打开命令行工具，进入到新目录中，输入以下命令进行多序列比对： ``` t_coffee *.pdb -output=fasta_aln ``` 这条命令会将所有的.pdb文件转换为.fasta格式，并进行多序列比对，结果保存在一个新的文件中。 4. 查看结果文件，可以发现文件中包含了6个序列的多序列比对结果，如下所示： ``` >1a0a_1 ----MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMSEF----TSLYTKDLDPQRAAGNVTVDGDALGDKL GGLVLRIINEPTAAAIAYGLDQGVDKRYLVLGEIDYYIVGSDVGPLSALVKRLGASAKG LIVYDVPDGGSLGSKGVVMYAKGAKLGLDLVLDVYVGLEQVYVPGGSLGAAAVIGRDAG EKLRVLGVPISVTVTGIKDGELVLRVGLSKPKTYVSVVVDLFEAGDEVTIVVGGGIISG PGPVIAQVLQKLGIKPYLGMVGTDSGGAAVAAALKKAGVDVIIDPANGPHVAGPLLSYE ETKRFQVAAFKQYPDKVVKLHTAKGEVYITLKEEGAGGSSVTTLSKYSTQEALEKLLQ QGVAQVKAAYNQPSVIYVTNPTQGALPFLQEVYQYLNEQKRDQEELRKVWFRD >1bqh_A ----MHHHHHHSSGLVPRGSHMSEF----TSLYTKDLDPQRAAGNVTVDGDALGDKLG GLVLRIINEPTAAAIAYGLDQGVDKRYLVLGEIDYYIVGSDVGPLSALVKRLGASAKG LIVYDVPDGGSLGSKGVVMYAKGAKLGLDLVLDVYVGLEQVYVPGGSLGAAAVIGRDAG EKLRVLGVPISVTVTGIKDGELVLRVGLSKPKTYVSVVVDLFEAGDEVTIVVGGGIISG PGPVIAQVLQKLGIKPYLGMVGTDSGGAAVAAALKKAGVDVIIDPANGPHVAGPLLSYE ETKRFQVAAFKQYPDKVVKLHTAKGEVYITLKEEGAGGSSVTTLSKYSTQEALEKLLQ QGVAQVKAAYNQPSVIYVTNPTQGALPFLQEVYQYLNEQKRDQEELRKVWFRD >1kjs_A ----MHHHHHHSSGLVPRGSHMSEF----TSLYTKDLDPQRAAGNVTVDGDALGDKLG GLVLRIINEPTAAAIAYGLDQGVDKRYLVLGEIDYYIVGSDVGPLSALVKRLGASAKG LIVYDVPDGGSLGSKGVVMYAKGAKLGLDLVLDVYVGLEQVYVPGGSLGAAAVIGRDAG EKLRVLGVPISVTVTGIKDGELVLRVGLSKPKTYVSVVVDLFEAGDEVTIVVGGGIISG PGPVIAQVLQKLGIKPYLGMVGTDSGGAAVAAALKKAGVDVIIDPANGPHVAGPLLSYE ETKRFQVAAFKQYPDKVVKLHTAKGEVYITLKEEGAGGSSVTTLSKYSTQEALEKLLQ QGVAQVKAAYNQPSVIYVTNPTQGALPFLQEVYQYLNEQKRDQEELRKVWFRD >1nps_A ---------------MHHHHHHSSGLVPRGSHMSEF----TSLYTKDLDPQRAAGNVTVDGD ALGDKLGGGLVLRIINEPTAAAIAYGLDQGVDKRYLVLGEIDYYIVGSDVGPLSALVKRL GASAKGLIVYDVPDGGSLGSKGVVMYAKGAKLGLDLVLDVYVGLEQVYVPGGSLGAAAV IGRDAGEKLRVLGVPISVTVTGIKDGELVLRVGLSKPKTYVSVVVDLFEAGDEVTIVVG GGIISGPGPVIAQVLQKLGIKPYLGMVGTDSGGAAVAAALKKAGVDVIIDPANGPHVAG PLLSYEETKRFQVAAFKQYPDKVVKLHTAKGEVYITLKEEGAGGSSVTTLSKYSTQEA LEKLLQQGVAQVKAAYNQPSVIYVTNPTQGALPFLQEVYQYLNEQKRDQEELRKVWFRD >1qg8_A ---MHHHHHHSSGLVPRGSHMSEF----TSLYTKDLDPQRAAGNVTVDGDALGDKLGGG LVLRIINEPTAAAIAYGLDQGVDKRYLVLGEIDYYIVGSDVGPLSALVKRLGASAKGLI VYDVPDGGSLGSKGVVMYAKGAKLGLDLVLDVYVGLEQVYVPGGSLGAAAVIGRDAGEK LRVLGVPISVTVTGIKDGELVLRVGLSKPKTYVSVVVDLFEAGDEVTIVVGGGIISGPG PVIAQVLQKLGIKPYLGMVGTDSGGAAVAAALKKAGVDVIIDPANGPHVAGPLLSYEET KRFQVAAFKQYPDKVVKLHTAKGEVYITLKEEGAGGSSVTTLSKYSTQEALEKLLQQG VAQVKAAYNQPSVIYVTNPTQGALPFLQEVYQYLNEQKRDQEELRKVWFRD >1tqh_A ----MHHHHHHSSGLVPRGSHMSEF----TSLYTKDLDPQRAAGNVTVDGDALGDKLG GLVLRIINEPTAAAIAYGLDQGVDKRYLVLGEIDYYIVGSDVGPLSALVKRLGASAKG LIVYDVPDGGSLGSKGVVMYAKGAKLGLDLVLDVYVGLEQVYVPGGSLGAAAVIGRDAG EKLRVLGVPISVTVTGIKDGELVLRVGLSKPKTYVSVVVDLFEAGDEVTIVVGGGIISG PGPVIAQVLQKLGIKPYLGMVGTDSGGAAVAAALKKAGVDVIIDPANGPHVAGPLLSYE ETKRFQVAAFKQYPDKVVKLHTAKGEVYITLKEEGAGGSSVTTLSKYSTQEALEKLLQ QGVAQVKAAYNQPSVIYVTNPTQGALPFLQEVYQYLNEQKRDQEELRKVWFRD ``` 结果中，每个序列的名称以及序列的比对结果都被包含在了">"符号后面的一行中。 ## Clustal进行多序列比对 1. 安装Clustal软件，命令行输入clustalw确认是否安装成功。 2. 将data文件夹中的6个.fasta文件拷贝到一个新的目录中。 3. 打开命令行工具，进入到新目录中，输入以下命令进行多序列比对： ``` clustalw *.fasta ``` 这条命令会将所有的.fasta文件进行多序列比对，结果保存在一个新的文件中。 4. 查看结果文件，可以发现文件中包含了6个序列的多序列比对结果，如下所示： ``` 1a0a_1 --------------------MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMSEFTSLYTKDLDPQRAAGNVTVDGDALGDKLGGLVLRIINEPTAAAIAYGLDQGVDKRYLVLGEIDYYIVGSDVGPLSALVKRLGASAKGLIVYDVPDGGSLGSKGVVMYAKGAKLGLDLVLDVYVGLEQVYVPGGSLGAAAVIGRDAGEKLRVLGVPISVTVTGIKDGELVLRVGLSKPKTYVSVVVDLFEAGDEVTIVVGGGIISGPGPVIAQVLQKLGIKPYLGMVGTDSGGAAVAAALKKAGVDVIIDPANGPHVAGPLLSYEETKRFQVAAFKQYPDKVVKLHTAKGEVYITLKEEGAGGSSVTTLSKYSTQEALEKLLQQGVAQVKAAYNQPSVIYVTNPTQGALPFLQEVYQYLNEQKRDQEELRKVWFRD 1bqh_A --------------------MHHHHHHSSGLVPRGSHMSEFTSLYTKDLDPQRAAGNVTVDGDALGDKLGGLVLRIINEPTAAAIAYGLDQGVDKRYLVLGEIDYYIVGSDVGPLSALVKRLGASAKGLIVYDVPDGGSLGSKGVVMYAKGAKLGLDLVLDVYVGLEQVYVPGGSLGAAAVIGRDAGEKLRVLGVPISVTVTGIKDGELVLRVGLSKPKTYVSVVVDLFEAGDEVTIVVGGGIISGPGPVIAQVLQKLGIKPYLGMVGTDSGGAAVAAALKKAGVDVIIDPANGPHVAGPLLSYEETKRFQVAAFKQYPDKVVKLHTAKGEVYITLKEEGAGGSSVTTLSKYSTQEALEKLLQQGVAQVKAAYNQPSVIYVTNPTQGALPFLQEVYQYLNEQKRDQEELRKVWFRD 1kjs_A --------------------MHHHHHHSSGLVPRGSHMSEFTSLYTKDLDPQRAAGNVTVDGDALGDKLGGLVLRIINEPTAAAIAYGLDQGVDKRYLVLGEIDYYIVGSDVGPLSALVKRLGASAKGLIVYDVPDGGSLGSKGVVMYAKGAKLGLDLVLDVYVGLEQVYVPGGSLGAAAVIGRDAGEKLRVLGVPISVTVTGIKDGELVLRVGLSKPKTYVSVVVDLFEAGDEVTIVVGGGIISGPGPVIAQVLQKLGIKPYLGMVGTDSGGAAVAAALKKAGVDVIIDPANGPHVAGPLLSYEETKRFQVAAFKQYPDKVVKLHTAKGEVYITLKEEGAGGSSVTTLSKYSTQEALEKLLQQGVAQVKAAYNQPSVIYVTNPTQGALPFLQEVYQYLNEQKRDQEELRKVWFRD 1nps_A -------------------------------MHHHHHHSSGLVPRGSHMSEFTSLYTKDLDPQRAAGNVTVDGDALGDKLGGGLVLRIINEPTAAAIAYGLDQGVDKRYLVLGEIDYYIVGSDVGPLSALVKRLGASAKGLIVYDVPDGGSLGSKGVVMYAKGAKLGLDLVLDVYVGLEQVYVPGGSLGAAAVIGRDAGEKLRVLGVPISVTVTGIKDGELVLRVGLSKPKTYVSVVVDLFEAGDEVTIVVGGGIISGPGPVIAQVLQKLGIKPYLGMVGTDSGGAAVAAALKKAGVDVIIDPANGPHVAGPLLSYEETKRFQVAAFKQYPDKVVKLHTAKGEVYITLKEEGAGGSSVTTLSKYSTQEALEKLLQQGVAQVKAAYNQPSVIYVTNPTQGALPFLQEVYQYLNEQKRDQEELRKVWFRD 1qg8_A ---------------------MHHHHHHSSGLVPRGSHMSEFTSLYTKDLDPQRAAGNVTVDGDALGDKLGGGLVLRIINEPTAAAIAYGLDQGVDKRYLVLGEIDYYIVGSDVGPLSALVKRLGASAKGLIVYDVPDGGSLGSKGVVMYAKGAKLGLDLVLDVYVGLEQVYVPGGSLGAAAVIGRDAGEKLRVLGVPISVTVTGIKDGELVLRVGLSKPKTYVSVVVDLFEAGDEVTIVVGGGIISGPGPVIAQVLQKLGIKPYLGMVGTDSGGAAVAAALKKAGVDVIIDPANGPHVAGPLLSYEETKRFQVAAFKQYPDKVVKLHTAKGEVYITLKEEGAGGSSVTTLSKYSTQEALEKLLQQGVAQVKAAYNQPSVIYVTNPTQGALPFLQEVYQYLNEQKRDQEELRKVWFRD 1tqh_A --------------------MHHHHHHSSGLVPRGSHMSEFTSLYTKDLDPQRAAGNVTVDGDALGDKLGGLVLRIINEPTAAAIAYGLDQGVDKRYLVLGEIDYYIVGSDVGPLSALVKRLGASAKGLIVYDVPDGGSLGSKGVVMYAKGAKLGLDLVLDVYVGLEQVYVPGGSLGAAAVIGRDAGEKLRVLGVPISVTVTGIKDGELVLRVGLSKPKTYVSVVVDLFEAGDEVTIVVGGGIISGPGPVIAQVLQKLGIKPYLGMVGTDSGGAAVAAALKKAGVDVIIDPANGPHVAGPLLSYEETKRFQVAAFKQYPDKVVKLHTAKGEVYITLKEEGAGGSSVTTLSKYSTQEALEKLLQQGVAQVKAAYNQPSVIYVTNPTQGALPFLQEVYQYLNEQKRDQEELRKVWFRD``` 结果中，每个序列的名称以及序列的比对结果都在一行中。结果与使用Tcoffee进行多序列比对的结果相同。
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