使用CIRI识别环状RNA

欢迎关注”生信修炼手册”!

在最初的环状RNA研究中，认为环状RNA都是由exon通过反向剪切构成的,称之为exonic circRNA，只有这样的环状RNA能够由PCR反应验证出来的。

CIRI是一款环状RNA检测软件，通过该软件的预测结果，学者第一次用实验验证出了intronic circRNA和intergenic circRNA。该软件操作简便，准确度高，是非常流行的一款环状RNA检测软件。

该软件至少需要两个输入文件，基因组的fasta序列和测序数据比对产生的sam文件，需要注意的是，输入的sam文件必须是由bwa-mem算法比对产生的 。分析的pipeline示意如下

对于输入的sam文件，需要经过两次扫描，在第一次扫描时，根据双端数据的比对情况筛选候选的环状RNA，这一步通过判断SAM文件中CIGAR那一列的值来实现，本质上是检测覆盖环状RNA连接点处的junction reads,根据测序读长和连接点处包含的基因组区域的特征，分成以下3种模型