环形RNA预测注意事项

使用CIRI的注意事项：

1. 9_16_0意味着9 Softclipping/Mapping signals，16 Mapping/Softclipping signals和0 Softclipping/Mapping/Softclipping signal
2. bwa mem -T 19改进ciri的敏感度
3. read长度少于60bp时，bwa mem使用-k 15 -T 15改善结果
4. PCC 成对交替剪辑（paried chiastic clipping），局部比对read的形式，PEM（paired end mapping）双端比对
5. 注意使用-low参数，增加敏感度
6. 建议不要使用-R参数，当然能用PEreads是最好的选择，SE的假阳性真心高
7. 建库注意选择适合的方法， 比如去除线性RNA

perl CIRI_v1.2.pl -I a.sam -O a.ciri -A a.gtf -F a.fa -G a.log -low