annoPeakR:一个peak注释的在线工具

欢迎关注”生信修炼手册”!

annoPeakR是一个peak注释工具，基于R语言中的shiny包开发出的web应用，网址如下

https://apps.medgen.iupui.edu/rsc/content/19/

集成了人和小鼠多个版本的参考基因组信息，只需要上传bed格式的peak文件就可以进行分析了，支持一次上传多个，示意如下

官网也提供了测试数据，点击Load sample Data可以看到。对于Peak文件而言只需要四列，分别代表染色体，起始，终止位置和peak的名称，示意如下

对于每个peak文件，提供了以下两种注释信息

1. peak associated gene structures

peak关联基因的分析是通过ChIPpeakAnno这个R包来实现，注释结果提供了csv的格式供下载，内容示意如下

不仅给出了对应的基因注释，还根据peak与基因的距离定义了downstream等类别，其中promoter和enha