使用ggseqlogo可视化motif

最新推荐文章于 2024-06-06 17:11:13 发布
最新推荐文章于 2024-06-06 17:11:13 发布
阅读量1.5k 收藏 9
点赞数 1
文章标签： python 数据可视化 html java docker
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/108079460
版权
ggseqlogo是R包，提供更灵活的motif可视化，支持序列和PFM矩阵输入。内置多种配色方案，如nucleotide、base_pairing、chemistry等，并能自定义配色。可一次性绘制多个sequence logo，适用于DNA、RNA和蛋白质序列分析。了解更多高级功能，请查阅官方文档。
摘要由CSDN通过智能技术生成

欢迎关注”生信修炼手册”!

ggseqlogo是一个motif可视化的R包，可以看做是seqLogo的加强版。除了基本的创建sequence logo的功能，新增了许多自定义的选项，灵活性更强，项目网址如下

https://omarwagih.github.io/ggseqlogo/

接受两种格式的motif信息，第一种为序列数据，以下图为例

在R中的表示方式如下

motif_seq <- c(
"CCCATTGTTCTC",
"TTTCTGGTTCTC",
"TCAATTGTTTAG",
"CTCATTGTTGTC",
"TCCATTGTTCTC",
"CCTATTGTTCTC",
"TCCATTGTTCGT",
"CCAATTGTTTTG"
)

第二种为motif的PFM矩阵，以下图为例

最低0.47元/天 解锁文章
生信修炼手册
关注
  • 1
    点赞
  • 踩
  • 9
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
生信绘图：在线绘制 序列 Logo 图
Ningbo_JiaYT的博客
12-16 3273
本文介绍通过 WebLogo网站 在线绘制 序列 Logo 图（序列分析图）。
使用seqLogo可视化motif
庐州月光的博客
04-09 2174
欢迎关注”生信修炼手册”!seqLogo是一个bioconductor上的R包，专门用于DNA序列的motif可视化，网址如下https://www.bioconductor.org/p...
R包ggseqlogo 绘制seq logo图
最新发布
悟道西方
06-06 740
在生物信息分析中，经常会做序列分析图（sequence logo），这里的序列指的是核苷酸(DNA/RNA链中)或氨基酸(在蛋白质序列中)。sequence logo图是用来可视化一段序列某个位点的保守性，据根提供的序列组展示位点信息。常用于描述序列特征，如DNA中的蛋白质结合位点或蛋白质中的功能单元。实现以上可视化过程的工具有很多，本文介绍一个使用起来非常简单，不拖泥带水的R包ggseqlogo，只要你根据此包要求的数据格式上传一堆DNA序列或者氨基酸序列，再根据现成的命令流程就能画出logo图。
motif-visualizer:用 D3js 制作的主题可视化工具
06-18
用 D3js 制作的主题可视化工具。
ggseqlogo
jiangshandaiyou的博客
12-04 163
sequence logo图用来可视化一段序列某个位点的保守性，据根提供的序列组展示位点信息。这方面有很多在线小工具可以完成，这里使用R包ggseqlogo进行可视化。下面是使用数据中的位置频率矩阵生成的seqlogo。
MotifStack：多motif序列比较和可视化
悟道西方
01-23 2541
授权转载自 SimonCat。最近大量跑chip-seq，看到一篇2016Cell的文章《Cistromeand Epicistrome Features Shape the Regul...
利用ggseqlogo绘制seqlogo图
R语言中文社区
03-14 5941
作者简介Introductiontaoyan：伪码农，R语言爱好者，爱开源。个人博客: https://ytlogos.github.io/公众号：生信大讲堂往期回顾R语言可视化学习笔记之相关矩阵可视化包ggcorrplotR语言学习笔记之相关性矩阵分析及其可视化ggplot2学习笔记系列之利用ggplot2绘制误差棒及显著性标记ggplot2学习笔记系列之主题（theme）设置用circlize
用python制作weblogo/SeqLogo/序列保守性分析图
CHENYAoo的博客
11-25 5919
朋友说用R语言制作seq logo图一直报错，想着python也很适合用来做数据分析，并大有取代R的趋势，就试了一下，顺利完成，其间遇到几个bug，记录以下。 ????先上成果图 参考教程R语言携手Python绘制weblogo图 以下是使用python制作的具体步骤 1. 前期准备 python环境：python3 安装python包 weblogo，这是一个制作序列保守性分析图的包。 在终端中输入...
motif-mark:盒式外显子基序可视化
03-06
该脚本可将来自fasta文件的基因片段上的基序可视化。 概括 在被翻译成蛋白质之前，mRNA经历了剪接过程，以去除内含子并将外显子粘贴在一起。 通常，mRNA可以被剪接，产生可能对某种细胞类型或功能具有特异性的同工型...
motif-mark-oop:卡带外显子图案可视化，面向对象
03-21
图案标记oop motif_mark_oop.py脚本可将来自fasta文件的基因片段上的基序可视化。包含Fasta标头，外显子，基序和一般基因组的类。概括在被翻译成蛋白质之前，mRNA经历了剪接过程，以去除内含子并将外显子粘贴在一起...
Metaboverse:可视化和分析代谢网络
04-07
整合两条件，多条件和时间过程数据使用我们的监管模式搜索引擎搜索监管事件将React与缺少数据的中间React合并在一起，以便在稀疏数据集中更轻松地进行可视化和模式分析探索特定于超级路径的React扰动网络使用我们的...
ggmotif:在ggplot中添加DNA序列基序
05-12
ggmotif 在ggplot中添加DNA序列基序 受到seqLogo Bioconductor软件包的启发，并以其为基础。 在ggplot2框架中绘制DNA序列基序。 使用devtools::install_github安装（不在CRAN上）。 创建独立图，或在特定位置以特定大小在ggplot中添加序列徽标。 library(ggmotif) #> Loading required package: ggplot2 ggmotif_plot("ACGWRT") 也可以使用位置频率矩阵代替字符串： mat = Biostrings::consensusMatrix("ACGWRT") mat #> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] #> A 1 0 0 0 0 0 #> C 0 1 0
PhyloFisher:PhyloFisher是用Python3编写的软件包，可用于创建，分析和可视化由蛋白质序列组成的系统基因组数据集
04-29
跳到： 安装 通过conda（推荐） 安装Anaconda： 准备一个conda虚拟环境： conda create -n fisher 激活conda环境： conda activate fisher 将Bioconda，Conda-Forge和PhyloFisher Anaconda Cloud频道添加到您的频道： conda config --append channels phylofisher conda config --append channels bioconda conda config --append channels conda-forge 安装PhyloFisher： conda install phylofisher 笔记： 使用PhyloFisher完成后，使用conda conda deactivate禁用fisher conda虚拟环境。
motif 编程
06-28
motif 编程，不可多得的linux下x window编程书籍。
PyG ENZYMES蛋白质分子图数据集可视化教程
CSDN 精品推荐
01-27 797
ENZYMES数据集是在GNN领域是非常经典的数据集，它是一个根据生物分子蛋白质结构而构建的Graph数据集合，总共600个图，也就是对应600个样本（蛋白质分子） ，共有六种结构。PyG没有提供可视化的工具，所以我们需要将PyG的图数据。这个数据集是一个用于图级分类任务的数据，该数据集中共有。对ENZYMES数据集进行可视化需要使用到。
一个用python编写的序列比对可视化工具 -- LINKVIEW
qq_18369669的博客
12-19 4695
LINKVIEW 是一个将序列比对结果（或其它任何适合的数据）进行可视化作图的工具。 本工具设计灵感来源于circos软件，因为在日常工作中需要对blast比对结果进行可视化显示，但是找不到合适的软件(circos仅能作环状的图)，所以开发了这款工具。
R包ggseqlogo |绘制序列分析图
悟道西方
11-29 2964
简介 在生物信息分析中，经常会做序列分析图（sequence logo），这里的序列指的是核苷酸(DNA/RNA链中)或氨基酸(在蛋白质序列中)。sequence logo图是用来可视化一段序列某个位点的保守性，据根提供的序列组展示位点信息。常用于描述序列特征，如DNA中的蛋白质结合位点或蛋白质中的功能单元。 实现以上可视化过程的工具有很多，本文介绍一个使用起来非常简单，不拖泥带水的R包ggseq...
如何绘制motif结构图
热门推荐
biolxy的博客
07-08 1万+
基因结构图
使用TBtools绘制motif
qq_46644680的博客
03-23 1575
如果是几个fasta文件可以用TBtools合并成一个。使用TBtools生成meme.xml。随后会生成meme_out文件。
X sheel 中如何使用 homer 对bed 进行 motif 预测
03-31
要在X sheel中使用HOMER对BED进行motif预测，需要按照以下步骤操作： 1. 首先，需要将BED文件转换为HOMER格式。可以使用“bed2pos.pl”脚本将BED文件转换为HOMER格式。该脚本可以通过以下命令获取： ``` wget ...

“相关推荐”对你有帮助么？

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值