TiED:人类组织特异性增强子数据库

最新推荐文章于 2024-11-28 13:23:20 发布
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TiED是一个包含10种组织增强子信息的数据库，通过对H3K27ac、H3K4me1、H3K4me3和DHS数据的分析鉴定组织特异性增强子。它提供SNP、转录因子和靶基因注释，以及增强子与组织特异性表达的关系。用户可通过检索框按组织、转录因子等查询，并可查看详细的TF-enhancer-gene调控网络。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

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TiED是一个人类增强子数据库，对10种不同组织中的增强子表进行定量和分析，鉴定了增强子的组织特异性，网址如下

http://lcbb.swjtu.edu.cn/TiED/

首先综合H3K27ac, H3K4me1, H3K4me3和DHS的结果来识别增强子区域，从Roadmap和ENCODE下载chip_seq数据进行分析，将在DHS, H3K27ac, H3K4me1 peak 2kb范围内，含有较高H3K4me1修饰水平，较低H3K4me3水平的基因组区域作为候选的增强子区域，然后过滤掉与蛋白编码基因TSS位点上游1kb存在overlap的增强子，得到最终的增强子区域。

对于增强子区域，提供了以下几种注释信息

  1. SNP位点注释
    提供了增强子区域内存在的SNP位点的注释

  2. 转录因子注释
    对潜在的调控增强子的转录因子进行注释

  3. 靶基因注释
    将增强子上下游100kb范围内的蛋白基因定义为该增强子可能的靶基因

  4. 靶基因组织特异性注释
    根据GTEx项目提供的基因表达量信息，分析增强子的靶基因在下图所示的10种组织中的表达情况，并计算组织特异性

根据靶基因的组织特异性，将增强子划分为以下3类

  1. specific enhancer

  2. ubiquitous enhancer

  3. o

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