本文探讨了Hi-C技术在研究染色质空间互作中的应用，通过将junction reads比对到基因组，构建互作矩阵。由于全基因组交互分析需要大量测序数据和计算资源，科学家引入分辨率概念，将基因组划分为窗口进行分析，虽然牺牲部分精度，但仍能揭示有价值的三维构象信息。不同分辨率适用于不同场景，如A/B compartments、TAD结构和染色质环等的发现。
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Hi-C基于传统的染色质构象捕获技术，在DNA连接时引入生物素标记分子，标记交联的染色质，然后富集带有生物素标记的junction reads, 再结合高通量测序和下游的生物信息学分析，可以在全基因组范围内研究染色质的空间互作关系。
在Hi-C文库中，我们得到的是互作染色质形成的junciton reads, 通过将这些reads 比对到参考基因组之后，可以分析染色质之间的互作。以下图为例
图中蓝色和红色对应的染色质区域有互作，黑色和黄色对应的染色质区域有互作，在对应的Hi-C文库中，我们可以得到如下所示的junction reads
将这些reads正确比对到参考基因组上之后，就可以确定对应的染色质区域之间存在互作，而对应的junction reads的数目越多，则代表两个区域交互作用发生的频率越高。
对于所有区域的互作信息，通常会用一个交互矩阵interaction matirx来表示，该矩阵是一个方阵，每一行或者列都代表一个染色质区域，方格的颜色代表代表两个区域交互作用的强弱，示意如下
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