使用GDC API查看和下载TCGA的数据

本文介绍了如何利用GDC API查询和下载TCGA数据,包括基本的查询和下载方法,如GET和POST请求,以及如何通过API实现自动化下载。文中还提到了R包如何借助API实现TCGA数据的获取。
摘要由CSDN通过智能技术生成

欢迎关注”生信修炼手册”!

API是应用程序编程接口,很多的网站都有对应的API,方便程序抓取数据,比如NCBI, EBI, KEGG等等,GDC也有对应的API, 可以方便的查询和下载TCGA的数据,API的网址如下

https://gdc.cancer.gov/developers/gdc-application-programming-interface-api

API都有一个base url, 通过base url加上内置的指令,可以实现特定数据集的访问和下载,GDC API的base url如下

https://api.gdc.cancer.gov/<endpoint>
https://api.gdc.cancer.gov/legacy/<endpoint>

第一种访问和操作GDC harmonized database, 第二种访问和操作GDC legacy archive。endpoint是内置的指令,支持的指令如下所示

从功能上可以划分为查询,下载,提交数据三大块,常用的的功能包括查询和下载

1. 查询

通过JSON这种格式进行数据交换,以files为例,以其对应的uuid为例进行查询的用法如下

curl
  • 0
    点赞
  • 4
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值