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API是应用程序编程接口,很多的网站都有对应的API,方便程序抓取数据,比如NCBI, EBI, KEGG等等,GDC也有对应的API, 可以方便的查询和下载TCGA的数据,API的网址如下
https://gdc.cancer.gov/developers/gdc-application-programming-interface-api
API都有一个base url, 通过base url加上内置的指令,可以实现特定数据集的访问和下载,GDC API的base url如下
https://api.gdc.cancer.gov/<endpoint>
https://api.gdc.cancer.gov/legacy/<endpoint>
第一种访问和操作GDC harmonized database, 第二种访问和操作GDC legacy archive。endpoint是内置的指令,支持的指令如下所示
从功能上可以划分为查询,下载,提交数据三大块,常用的的功能包括查询和下载
1. 查询
通过JSON
这种格式进行数据交换,以files
为例,以其对应的uuid
为例进行查询的用法如下
curl