使用topGO进行GO富集分析

topGO是一个专门用于做GO富集分析的R包，它默认从GO.db中读取GO的分类和结构信息，结合富集分析的结果，它可以画出如下所示的GO有向无环图

除了GO富集结果可视化这一特点，topGO还提供了多种富集分析的统计方法，示意如下

甚至支持自定义统计算法和模型，当然，常规情况下我们使用经典的费舍尔精确检验就可以了。

topGO的核心是构建一个topGOdata类型的对象，需要以下3种元素

1. 基因组所有的基因
2. 基因组所有基因对应的GO注释
3. GO之间的分类和结构信息

基因的列表在R中用向量存储，topGO会根据names属性来读取基因的标识符，而这个向量的内容是一个只包括0和1的因子，0表示这个基因为非差异基因，1表示这个基因为差异基因。示例如下

> head(geneList)
1  2  3  9 10
1  0  1  0  1

第一行为names属性，这里为entrez id, 第二行为向量的内容。

基因的GO注释，可以从Bioconductor提供的注释包中获得，比如human就可以从org.Hs.eg.db