详解GO的层级关系在富集分析中的应用

最新推荐文章于 2024-05-11 03:14:44 发布
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对于Gene ontology 而言，目前共有2万多个Go trems。 做完富集分析后，我们可能会得到几百甚至几千个富集到的GO terms, 这样的一个数据量对于人工一个个检索而言，仍然是一个艰巨的任务。为了有效的利用GO富集分析的结果，我们势必需要对结果再次进行过滤。

所有GO的层次结构关系如下图所示
在这里插入图片描述
这样的结构我们称之为有向无环图DAG, 虽然在图这种数据结构中，节点并没有严格的层级关系，但是由于在GO这张图中，存在了祖先节点，即最上层的3个节点，其他的节点都可以看做是其子节点，从而引用了树状结构中的level的概念，定义子节点到祖先节点的路径上包含的节点数即为该节点的level，祖先节点的level为1. 示意图如下
在这里插入图片描述
需要注意的是，由于子节点到祖先节点

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