IMex和IntAct数据库简介

最新推荐文章于 2022-04-04 22:55:58 发布
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分类专栏： 转录组 文章标签： imex intact PPI 蛋白质相互作用
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蛋白质相互作用的数据库非常的多，比如DIP, MINT, IntAct, BioGRID等，不同数据库中的信息存在了大量的冗余，而且在不同数据库之间进行检索也非常的费力，为了减少不同数据库的冗余，最大化提升数据存储和检索的效率，由多个数据库的开发团队和维护者共同参与成立了一个委员会，名字叫做international molecular exchange consortium, 简称IMEx, 该委员会致力于将不同数据库中的信息合并，减少冗余并提供了一个统一的查询工具

该委员会的成员示意如下
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述
该项目的地址如下

http://www.imexconsortium.org/

通过官网的检索框，可以方便的检索各个成员数据库中的内容，示意如下
在这里插入图片描述
以tp53为例，检索结果如下

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Activiti 数据库表结构
蛾子
08-11 1255
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LncACTdb:lncRNA相关的ceRNA网络数据库
庐州月光的博客
01-11 1137
欢迎关注”生信修炼手册”!ceRNA是近年来研究的非常火热的一种调控机制，指的是不同RNA分子竞争性的结合miRNA, 通过这种竞争关系来调控不同RNA的表达，这里的RNA分子可以是m...
分享几个蛋白质互作网站——String （二）多基因蛋白互作
weixin_46500027的博客
04-04 9295
今天讲多基因蛋白互作。然后分享几个别的蛋白互作网站。
IntAct：开源的的分子相互作用数据库
BioITer's World
03-02 6356
The IntAct molecular interaction database in 2012 Samuel Kerrien1, Bruno Aranda1, Lionel Breuza2, Alan Bridge2, Fiona Broackes-Carter3, Carol Chen4, Margaret Duesbury1, Marine Dumousseau1, Marc Feue
编程实现在IntAct数据集上批量查找蛋白交互对
Julse的博客
12-02 644
实现功能： 输入：Uniprot中的accession number 输出：与输入蛋白相关的蛋白交互对 数据下载 数据集下载链接：这里下载mitab格式，方便解析 ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/intact/current/psimitab/ 下载intact.txt或者intact.zip 自行解压都行 提取IntAct中的全体蛋白对 实现效果 文件中部分蛋白是Uniprot中的，部分蛋白是EBI中的，目前只考虑Uniprot中的 提取到103w对来自unipro
PPI database：STRING VS IntAct VS IMEx
Julse的博客
12-02 583
S. Orchard et al., “Protein interaction data curation: The International Molecular Exchange (IMEx) consortium,” Nature Methods, vol. 9, no. 4, pp. 345-350, Apr 2012 Henning et al, IntAct: an open source molecular interaction database, Nucleic Acids Resea..
易语言-使用数据库连接组件打开EXCEL文件易语言
06-29
总结来说，易语言通过数据库连接组件和记录集组件，使得开发者能够方便地读取和操作Excel文件，实现对数据的编程处理。这种方法对于那些不涉及复杂数据库操作，但需要对Excel数据进行自动化处理的场景非常实用。在...
C#连接Excel2003和Excel2007以上版本做数据库的连接字符串
09-10
在C#编程中，有时我们需要读取或写入Excel文件，这时就需要通过建立数据库连接字符串来实现。本文将详细介绍如何为Excel 2003和2007以上版本...同时，合理使用`HDR`和`IMEX`属性可以更好地处理数据类型和文件格式问题。
不同类型数据库导入导出
08-03
### 不同类型数据库导入导出详解 在信息技术领域中，数据迁移是一项常见且重要的任务，尤其是在不同的数据库系统间...通过这些方法，用户可以在不同的数据库之间轻松地迁移数据，极大地提高了数据管理的灵活性和效率。
Excel连接字符串中的HDR、IMEX参数详解
10-25
主要介绍了Excel连接字符串中的HDR、IMEX参数详解,在Excel数据导入导出时会用到这两个参数,需要的朋友可以参考下
cmg Imex 试井介绍
06-23
【CMG IMEX 试井介绍】是一种专业的油藏工程分析工具，主要用于分析井下压力历史数据，以了解油井的特性和储层参数。试井是石油勘探开发中的重要环节，通过对井下压力变化的监测，可以评估油藏的性能、储层性质以及...
[转载]蛋白质相互作用数据库
amw5181360的博客
01-10 1445
去，来，最终还是到蛋白质！ PPI：protein-proteininteraction 1.DIP(databaseofinteractingproteins) http://dip.doe-mbi.ucla.edu/dip/Main.cgi在页面点击 Searchby:[protein][sequence][m...
string数据库使用和实践第一部分string数据库介绍
mystrugglelife的博客
02-27 4万+
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一个搜索框多个按钮_用一个搜索框搜索所有数据库——生物医学搜索导航1.0版本，欢迎拍砖~...
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长久以来，我在做文献调研的时候常常面临一个痛苦的问题——当我需要查一个靶点的信息的时候：我可能需要先分别从书签栏或者地址栏里找出来Uniprot、PDB、BindingDB、Drugbank、guidetopharmacology、Ensembl……等等网站；然后在他们的搜索栏中一个个输入我的蛋白名字；最后分别点击搜索，查看想要的结果。这个过程不仅耗时间，而且常常会在搜索之中忘记上面众多项目中的其...
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