IntAct：开源的的分子相互作用数据库

The IntAct molecular interaction database in 2012

Samuel Kerrien1, Bruno Aranda1, Lionel Breuza2, Alan Bridge2, Fiona Broackes-Carter3,
Carol Chen4, Margaret Duesbury1, Marine Dumousseau1, Marc Feuermann2,
Ursula Hinz2, Christine Jandrasits1, Rafael C. Jimenez1, Jyoti Khadake1,
Usha Mahadevan5, Patrick Masson2, Ivo Pedruzzi2, Eric Pfeiffenberger1, Pablo Porras1,
Arathi Raghunath5, Bernd Roechert2, Sandra Orchard1,* and Henning Hermjakob1

Abstract

IntAct is an open-source, open data molecular interaction database populated by data either curated from the literature or from direct data depositions.Two levels of curation are now available within the database, with both IMEx-level annotation and less detailed MIMIx-compatible entries currently supported. As from September 2011, IntAct contains approximately275 000 curated binary interaction evidences from over 5000 publications. The IntAct website has been improved to enhance the search process and in particular the graphical display of the results. New data download formats are also available, which will facilitate the inclusion of IntAct’s data in the Semantic Web. IntAct is an active contributor to the IMEx consortium (http://www.imexconsortium.org). IntAct source code and data are freely available athttp://www.ebi.ac.uk/intact.

 

介绍：IntAct是一个开源的，开放数据的分子相互作用数据库，由来自文献精选的或直接来自数据仓库的数据组成。两种层次的精选现在可以在数据库中获得，当前支持IMEx层次注释和精简MIMIx兼容的条目。从2011年9月开始，IntAct包含了来自超过5000篇出版物的约275,000个精选的二元相互作用证据。IntAct网站已经被改进以增强搜索过程，尤其是结果的图形化展示。新的数据下载格式也可以利用，它将促进IntAct数据到语义网（Semantic Web）中的包含。IntAct是IMEx协会（International Molecular Interaction Exchange consortium，国际分子相互作用交换协会，http://www.imexconsortium.org）的一个积极贡献者。IntAct源码和数据可以在http://www.ebi.ac.uk/intact免费获得。

 

评价：

      作为开源无国界的一个典范，最近创建的英国IntAct数据库是一个分子相互作用数据库（ebi.ac.uk/intact），由欧洲生物信息研究所衍生而来。IntAct项目的负责人HenningHermjakob回忆说：“在这个项目开始的时候，已经有好几个关于蛋白相互作用的数据库了，但他们之中没有一个是开源的，并且他们之间也没有任何联系。”因此，该小组的首要任务之一就是要开发一种适用于所有参与合作的数据库的数据交换格式，这催生了分子相互作用的蛋白组标准的出现（与人类蛋白质组组织合作开发）。这个通用语言已经对数据获取产生了深刻的影响，现在IntAct包含超过10万的经过手工确认的二元分子相互作用数据。除了不断提高免费软件的性能，使其保持并提升对相互作用数据的存储和分析能力，利用手工对如此巨大的数据量的信息进行处理已经成为一个主要的瓶颈。Hermjakob说：“有两种方式把数据加入数据库。第一种也是较为简单的一种，是直接从实验者那里获得数据，他们有这些数据，并且将发表这些数据，如果我们能够在文章发表之前不公开这些数据，他们就会把这些数据给我们；第二种也是现在使用的主要方式，是由专人手工从同行评议的文献中提取数据。在这个数据爆炸的时代，可以认为这些经过同行评议文献是IntAct最好的质量控制。尽管如此，IntAct还是有一些不足，未来，将会得到更好的发展。不仅是要有大量的数据积累，而且还要保证它们的质量，数据的图片化展示也是需要提高的。

文献链接：http://nar.oxfordjournals.org/content/40/D1/D841.long

博客来源：http://phylo.croplab.org/wiki/content/intact%EF%BC%9A%E5%BC%80%E6%BA%90%E7%9A%84%E7%9A%84%E5%88%86%E5%AD%90%E7%9B%B8%E4%BA%92%E4%BD%9C%E7%94%A8%E6%95%B0%E6%8D%AE%E5%BA%93