一个因bed文件异常导致deeptools画图报错的问题

最新推荐文章于 2022-10-28 16:13:35 发布

weixin_43654330

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分类专栏：生物信息文章标签： python

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43654330/article/details/109306653

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在使用deeptools绘制TSS区分布时遇到`ValueError: invalid literal for int() with base 10: ‘txStart’`的问题。通过bedtools排序定位到异常行239535，发现非整型变量导致错误。解决方案是删除该异常行，可以使用两种命令方法。最终使用sortBed检查无误。

摘要由CSDN通过智能技术生成

进行deeptools画TSS区分布的情况时出现非整型变量的报错，写下博客提醒以后的自己
#报错ValueError: invalid literal for int() with base 10: ‘txStart’

ValueError: invalid literal for int() with base 10: 'txStart'

问题查找：
①先用bedtools的sort功能来排序，通过排序来找出存在字符变量问题的行

sortBed -i final_UCSC_GENCODE_hg38v32_gene.bed >final.hg38.GENCODEv32.bed

②得知异常行位于239535行，检查

sed -n '239530,239535p' final_UC

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