提取文件出错_BED文件以及如何正确的从UCSC下载BED文件

最新推荐文章于 2023-10-11 11:54:54 发布
最新推荐文章于 2023-10-11 11:54:54 发布
阅读量3.8k 收藏 5
点赞数
文章标签： 提取文件出错
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_36140403/article/details/112674585
版权
在分析chip-seq数据时，由于不正确的BED文件导致绘图失败。错误源于从UCSC下载的文件不适用于分析。本文解释了BED文件的基本结构，强调了染色体坐标的一半开半闭区间，并提供了从UCSC正确下载BED文件的步骤，包括选择合适的参数和输出格式。
摘要由CSDN通过智能技术生成

在画chip-seq里最基础的两张图的时候，出现了报错，报错信息各种看不懂呀，去网上各种搜也没有解决。后来请教健明老师，困扰我两天的难题他一眼就看出来是我bed文件出现了问题，就是说我从UCSC下载的bed文件是不对的。我就拿这个我以为的bed文件去查看TSS附近信号强度，最后结果当然是各种报错。犯这么蠢的错，归其原因是我不了解bed文件格式。

在做chipseq中下面这两张图的时候，用到deeptools软件里的computeMatrix命令，需要给一个参考的注释文件(就是我们这里介绍的bed文件)，从而让软件查看样本在TSS(转录起始位点)附近是否有富集。

aadd31b651ec8554124b725553a74033.png
chipseq中最基础的两张图

看下到底哪一步用到了bed文件

b1bbf0874a3adc012738c6fb1619ddb7.png
哪里用到bed文件解释
94467a7750520744cfcae829a86e6056.pngBED文件介绍

BED (Browser Extensible Data)格式文件就是通过规定行的内容来展示注释信息。
注释文件就是基因组的说明书。告诉我们哪些序列是编码蛋白的基因，哪些是非编码基因，外显子、内含子、UTR等的位置等等。注释文件在以下三个提供参考基因组的网站中都有提供，比如Ensemble、

最低0.47元/天 解锁文章
健玮
关注
  • 0
    点赞
  • 踩
  • 5
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
来自UCSC xena 的GTEX表达数据，注释文件
03-18
在这个概率映射文件中，每个基因的结构被转化为概率模型，这有助于研究人员精确地定位转录起始点、外显子和内含子，以及预测剪接变异对基因功能的影响。这些信息对于理解基因调控网络、转录后修饰以及疾病相关突变的...
利用bedtools预测chip_seq数据的靶基因
庐州月光的博客
04-21 1537
欢迎关注”生信修炼手册”!通常在分析peak区域对应的靶基因时，会选取转录起始位点TSS上下游一定长度的区域作为候选的靶基因范围，本文介绍下如何利用bedtools来对peak与TSS区...
如何获得hg38外显子的bed文件？
weixin_40594350的博客
04-18 3966
一、bed文件介绍 bed文件是一种记录基因组不同（功能）区域在基因组上的位置以及其它注释信息的文本文件。它包含了由空格或者tab分隔的不同列，以记录不同的信息，每一行对应一个区域。它最早出现于人类基因组计划中，后被广泛应用。因为它不直接在基因组上进行标记和修改，在使用上更具效率。 bed文件最开始并没有一个标准的格式，因此 UCSC Genome Browser 对它的描述逐渐成为了大家的参考标准。它最少为3列，最多可为12列。bed文件辅助 UCSC Genome Browser 对不同片段进行可视
生信小tips
Yuan_CHarLoTTe的博客
12-30 2549
说明：做生信过程中有很多小细节需要注意，留个备忘录方便后面查找命令 对染色体命名列内容修改 第一列为染色体号，如果要修改成chr格式 sed -i -e 's/^/chr/g' （）.narrowPeak
RNA-seq流程学习笔记（5）-Linux系统下载UCSC人类基因组和基因注释文件（未完成）
垚垚爸的博客
03-25 3105
主要参考文章： 基因组各种版本对应关系 测试数据及参考基因组的准备 RNA-seq(4):下载参考基因组及基因注释 下载参考基因组的原因 我们测序得到的是几百bp的短read（具体长短还有差异？需要进一步学习）， 相当于把拼图打散了给你。如果没有参考基因组，从头(de novo)组装等于是重走人类基因组计划的老路，也就是打散了拼图，却不告诉你原来是什么样子，那么任务将会及其艰巨。目前人类基因组已经组装好了，我们只需要把我们测得序列回贴（mapping)回去，毕竟人与人之间的差距只有不到1%差异, 允许mi
ChIP-seq数据处理流程(附赠长达5小时的视频指导)
生信小博士的博客
12-15 5669
本次给学徒讲解的文章是 : Brookes, E. et al. Polycomb associates genome-wide with a specific RNA polymerase II variant, and regulates metabolic genes in ESCs. Cell Stem Cell 10, 157–170 (2012). 查看文章发现数据是： Polycomb associates genome-wide with a specific RNA polymerase
CHIP-seq 分析笔记
samhuairen的专栏
08-09 4217
本周学习一下CHIP-seq。 并根据网上的教程，自己实践一下， 一方面是要为了弄清楚什么是chip-seq, 这个技术有什么用，另一个方面是想学习一下这个技术如何来实践， 本文参考的文章主要来自生信技能树，以及简书上的其他作者写的教程，由于每个人在做分析时，使用的操作系统不一样，所以网上的代码在自己的电脑上进行运行的时候经常出现问题，这需要每个人针对自己的情况进行分析和总结。 本次分析采用...
ucsc_snapshots:从 UCSC 基因组浏览器自动获取指定区域的图像
06-13
ucsc_snapshots 文档版本：0.1.8概括ucsc_snapshots 根据从 BED3+ 文件和会话 ID (hgsid) 指定的坐标从 UCSC 基因组浏览器中检索图片。 UCSC Genome Browser 应在使用该实用程序之前设置轨道并保存为会话。 这包括...
Visualization_of_diseases_associated_with_neurotransmitter_pathways:UCSC CMPS 165 的最终小组项目
06-21
Visualization_of_diseases_related_with_neurotransmitter_pathways UCSC CMPS 165 的最终小组项目：Web 的交互式数据可视化
Truseq_hg19.bed
06-19
《Truseq_hg19.bed：全外显子测序与BED文件解析》 在生物信息学领域，Truseq_hg19.bed文件是一个关键的资源，它包含了全外显子测序（Whole Exome Sequencing, WES）过程中的捕获序列信息。Truseq全外显子测序试剂...
对ChIP测序后bed文件的预处理
03-14
基因测序后bed文件的预处理，提出起始位点，在cmd中运行perl run.pl 文件名.bed即可（必须在run.pl所在的目录下比如在D盘，那再cmd中就是D：perl run.pl 文件名.bed）
Energy_Utility_App:在 HACK UCSC 2015 期间制作的节能实用程序应用程序
07-01
**能源实用程序应用程序：在HACK UCSC 2015中的创新** “Energy_Utility_App”是一款在HACK UCSC 2015黑客马拉松活动中开发的节能实用程序，旨在帮助用户更有效地管理和减少能源消耗。这款应用程序的创建表明了...
全外显子组测序的bed文件如何制作
weixin_69556916的博客
08-17 563
后面是对最终的结果进行排序，先按照第一列进行排序（-k1,1）再按照第二列以数值的方式进行排序（-k2,2n）。最后，再用bedtools把可能有重叠的部分整合之后，就能得到我们想要的结果。然后用gtf文件处理。
不同参考基因组版本间 bed vcf文件转换
qq_42962326的博客
06-14 4256
1. 通过liftover转换bed文件坐标 1.1 下载转换的chain文件 http://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.html#human hg19转hg38 的chain wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/liftOver/hg19ToHg38.over.chain.gz hg38转hg19 的chain wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenP
BED文件与bedtools简介
m0_70166478的博客
10-15 2944
python与生信
拆分bam统计clean reads长度
weixin_53737233的博客
02-23 968
拆分bam统计clean reads长度
bed vcf 文件 GRCH37转 GRCH38 hg19 转hg38
qq_40265284的博客
02-29 5061
准备文件： hg19ToHg38.over.chain.gz hg38ToHg19.over.chain.gz GRCh37_to_GRCh38.chain.gz GRCh37_to_GRCh38.chain.gz 下载网页打开很慢，已经放到百度云盘 链接：https://pan.baidu.com/s/1CGQ4TtaibfiMPlkFXSD4yQ 提取码：oqkd 1. bed 文件 hg...
Linux：bed文件制作，提取上下游150bp序列
最新发布
caopei0111的博客
10-11 656
bed文件，seqkit subseq，重命名
UCSC下载ENCODE数据
diedie4488的博客
09-21 743
ENCODE数据库用于存放基因组原件，所有的测序数据（原始数据以及每一步处理后的数据以及最终的结果）都是开放下载的。假如说去官网下载的话会比较麻烦，这里可以通过UCSC的数据库下载（真的是神器啊）！下面介绍方法： 　　https://www.genome.ucsc.edu/ENCODE/downloads.html 直接在这个网址里面下载就可以了，里面有hg19版本的说...
如何将bed 文件 转换成bw 文件
03-31
要将bed文件转换为bw文件，可以使用bedGraphToBigWig工具。该工具可以从bedGraph文件生成bigWig文件。 以下是将bed文件转换为bw文件的步骤： 1. 下载UCSC工具集。可以从UCSC网站上下载最新版本的工具集。 2. 将bed文件转换为bedGraph文件。可以使用bedtools将bed文件转换为bedGraph文件。使用以下命令： ``` bedtools genomecov -bg -i input.bed -g genome_file > output.bedGraph ``` 其中，input.bed是要转换的bed文件，genome_file是基因组文件，output.bedGraph是生成的bedGraph文件。 3. 将bedGraph文件转换为bw文件。使用bedGraphToBigWig工具将bedGraph文件转换为bigWig文件。使用以下命令： ``` bedGraphToBigWig input.bedGraph genome_file output.bw ``` 其中，input.bedGraph是要转换的bedGraph文件，genome_file是基因组文件，output.bw是生成的bigWig文件。 这样就可以将bed文件转换为bw文件了。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值