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R语言
文章平均质量分 92
爱学习Guocc
这个作者很懒,什么都没留下…
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【转载】无参转录组GO、KEGG富集分析——diamond+idmapping+GOstats
原文链接–>此处起飞(1) 用无参转录组分析软件得到unigene fasta文件,命名为my_unigenes.fa,格式如下表所示:>MSTRG.5.1 gene=MSTRG.5TGATGTCATCGATCCGTGACGTTTAGTATTCAACCAATAGGAATCAACCACGTAGGATTGGCGATCCTCGTCAAACGTGTAAACGGTAGATCTGAACCGTTGACTGGCTGAGAGAAAACACATATTGTGGTATTTTAGTCGGTACGATTAAGAA转载 2021-08-30 15:23:36 · 5511 阅读 · 2 评论 -
【R语言】parallel实现多线程
R语言使用parallel实现并行运算parallel的用法小小建议由于最近用R语言跑的数据比较多,且都是重复的操作,跑一次时间长,所以尝试了下并行运算,所用的包为parallel,使用简单,易于上手。parallel的用法parallel包的用法非常简单,我们只需要将原本的apply()改为parApply(),lapply()改为parLapply(),然后在函数前面加上初始化线程和结束线程的语句即可。我们可以通过detectCores()来检查我们自己电脑(或者服务器)的总线程数,并对其进行原创 2020-08-31 22:14:05 · 2620 阅读 · 1 评论 -
【群体结构】structure结构图绘制
R语言绘制structure图输入文件准备R语言代码上一篇文章:【群体结构】CLUMPP软件使用前面讲到利用CLUMPP合并多个K值的结果,这边主要叙述R语言绘制structure图。代码相对简单,我主要利用R语言的低级函数rect()完成。输入文件准备包含四列,第1列名字(也可以去掉),第2-4列为K的成分比例。R语言代码导入文件名为plot.clumpp.txt,格式如上。通过循环每一行,将不同的列的值进行绘制方块,达到效果。plotData<-read.table("plo原创 2020-06-11 10:35:26 · 5349 阅读 · 0 评论