用tbtools基因家族分析《一》

最新推荐文章于 2024-08-06 09:51:19 发布
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分类专栏： 软件使用
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版权
该博客介绍了如何运用TBtools进行基因家族分析，包括蛋白序列的blast比对，候选蛋白序列的提取以及通过NCBI CD search确定候选基因的保守结构域。
摘要由CSDN通过智能技术生成

基因家族分析流程


此版本为无代码版本，依赖tbtools来实现，纯粹记录自己的学习经验。

蛋白序列的blast比对

  1. 选择拟南芥基因家族的蛋白序列文件
  2. 选择你想要查找的基因家族的基因组蛋白文件
  3. 选择你要输出的文件名
  4. 选择输出格式，默认为xml，选择"Table“格式，结果更直观
  5. 点击”start“，开始运行。
    在这里插入图片描述

候选蛋白序列的提取

  1. 对于我们获得的结果文件rice.txt,，我们选择用excel打开，对其进行排序和去重处理，得到候选的基因ID；
    在这里插入图片描述
  2. 选择TBtools的”Fasta Extract or Filter"功能来提取上述候选基因的蛋白序列，
    在这里插入图片描述
  3. 第一个红框为水稻基因组的蛋白序列，第二个为输出的文件名，第三个就是我们的上一步得到的候选基因ID；
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TBtools:基因家族分析简单流程
Nuvolar
09-16 3万+
这里写自定义目录标题欢迎使用Markdown编辑器新的改变功能快捷键合理的创建标题，有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能，丰富你的文章UML 图表FLowchart流程图导出与导入导出导入 欢迎使用Markdown编辑器 你好！ 这是你第一次使用 Markdown编辑器 所展示的欢迎页。如果你想学习如何使用Mar
基因家族分析
qq_42639688的博客
04-29 1746
基因家族是来源于同一个祖先，由一个基因通过基因重复而产生两个或更多的拷贝而构成的一组基因，它们在结构和功能上具有明显的相似性，编码相似的蛋白质产物。
基因家族分析及SCI写作
最新发布
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08-06 875
掌握基因组家族分析流程、提高学员数据分析技能、掌握基因家族SCI论文撰写思路和写作技巧，助力科研。
TBtools | 基因家族分析 (进化树、Motifs、结构域)
lxzzzzzzzy的博客
07-30 1万+
使用TBtools对基因家族进行分析，进化树、Motifs 、结构域和基因结构多图合一。
实验篇——基因家族成员鉴定（一)
2301_78630677的博客
07-16 5591
今天认识了生信分析中一个十分实用的软件——TBtools ，我将带大家初识一下该软件，使用该软件进行基因家族成员鉴定。有关生物知识，请看 生物笔记——注解（一) 这篇文章是我学习基因家族成员鉴定的笔记，亦是我的第一篇有关生信分析的文章，或许还有许多不够详细之处，请理解。 孤帆远影碧空尽，唯见长江天际流。 -2023-7-14 实验篇
基于TBtools做基因家族分析教程 （全）
BioinfoDu
05-03 1万+
但是，只是这样的话，我觉得自己的这个教程就没有意义。软件默认的颜色，我自己不是很喜欢，但是也可以自己调整，也是很方便的哦。因此，使用Pfam数据库中一致的基因进行同源搜索（其实，你也可以使用已知作物中的基因进行同源搜索，获得结果基本一致）。也可以如上所示根据自己需求进行筛选，自己做的话，如果搜索的目的基因太多，而自己不需要这么多的同源基因，自己会进行手动过滤一些同源性较弱的基因。
TBtools-生物信息分析
07-02
该软件主要用于生物信息相关分析。主要功能包括序列批量提取、转存、转录组富集分析
tbtools鉴定基因家族
02-26
tbtools是一个用于鉴定基因家族的工具集，它提供了一系列功能和算法来帮助研究人员进行基因家族的鉴定和分析。tbtools的主要特点和功能包括： 1. 基因家族鉴定：tbtools可以根据用户提供的基因序列数据，使用多种...
基因家族特征分析 - 染色体定位分析
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qq_50637636的博客
06-29 1万+
  染色体定位分析是将基因家族成员在染色体上的位置标注出来，观察基因家族成员在染色体上是否成簇分布。
python绘制基因结构图_使用TBtools绘制进化树+motif分析+基因结构~三图合一
weixin_35545135的博客
02-04 8110
今天推文的内容重点是画图用到的输入文件的准备，推文内容来自 读者投稿。这位读者提到了关于本期推文的内容可以添加 她 的微信一起讨论。如果想要加微信可以直接在文末留言！ image.png图一基因家族分析的论文中通常会把基因家族成员的进化树、基因结构、motif分析放在一张图里。效果如图一。准备这个图 除了把各部分画出来再使用ps将图片拼接起来以外，还可以用TBtools直接绘制这种效果的图片。...
KEGGTools:一组用于下载和处理KEGG数据库的工具
05-15
KEGG工具 一组用于下载和处理KEGG数据库的工具 介绍 KEGG是研究某些生物的蛋白质功能和代谢途径的重要数据库，但是KEGG数据库中的序列不能免费下载。 开发KEGGTools就是为了解决这个问题。 要求 Python 3.5+ 安装 git git clone https://github.com/FlyPythons/KEGGTools.git 或下载 wget https://github.com/FlyPythons/KEGGTools/archive/master.zip unzip mater.zip 例子 下载KEGG数据库 从KEGG下载KEGG生物的信息 python3 download_organism.py --url http://www.kegg.jp/kegg/catalog/org_list.html --out KEGG.org 这将从KEGG
TBtool-生物信息学的技术分析
03-22
可以查找基因序列以及做一些有关基因的东西,该软件主要用于生物信息相关分析。主要功能包括序列批量提取、转存、转录组富集分... TBtools-生物信息分析 是一种很实用的工具
TBtools | 插件子菜单支持~转录组~共表达分析~
abai0410的博客
05-15 3123
写在前面 前些日子有遇到用户问道：“TBtools上安装插件的数目是不是有限制？”…对我来说，这是比较奇怪的问题。通过远程（todesk）查看，发现是对方安装了几乎所有 TBtools 插件，超过了屏幕可显示的空间，所以后面安装的插件无法看到。具体我回头看了下 TBtools 插件商店，发现目前有接近 40 个插件。 会出现这种情况… 今天想了一下，可能最方便的方法，还是加子菜单。 插件子菜单支持 整体逻辑简单，对于用户和对于插件作者操作类似。效果如下： 对于插件作者，直接在插件主目录新建一个文件，命
实验篇——家族成员染色体位置分析
2301_78630677的博客
08-24 4300
在基因家族分析中，通过观察基因家族成员在染色体上的位置。可以判断在染色体上是否成簇分布。本章是在TBtools软件上进行操作的，十分快速得得到了染色体位置分析的可视化图形。通过对图形的观察来判断家族成员基因在染色体上是否成簇分布。 天苍苍，野茫茫，风吹草低现牛羊。 –2023-8-22 实验篇。
GO富集结果绘图（TBtools进行GO富集分析）
buchongmingle的博客
07-24 2301
1、不太确定BgRatio应该怎样计算，大家如果明白的话麻烦告诉我。
在Windows下完成转录组分析
Nuvolar
09-16 6542
纯粹就是记录下如何在Window下少写代码完成RNA-seq,并没有详细讲解转录组分析的原理和每一步背后的含义。想深入了解可以翻生信技能树，生信宝典，组学大讲堂等等公众号。本文里的命令都是用powershell执行的，cmd当然也可以。 本文主要参考CJ写的完结 | TBtools RNA-seq 数据分析系列插件 从下载数据开始到完成初步结果大概花了15个小时，大致为11步。 本文是从0开始RNA-seq,本文前面几步是找别人的转录组测序数据，不需要可以跳过前面几步。 工具准备 TBtools Sra T
探秘TBtools-II：生物学家的强大数据处理工具箱
gitblog_00013的博客
05-17 1700
探秘TBtools-II：生物学家的强大数据处理工具箱 项目地址:https://gitcode.com/CJ-Chen/TBtools-II 随着高通量测序技术的飞速发展，生物学进入了大数据时代。然而，海量的数据分析常需依赖编程和命令行环境，这对于许多专注于实验的湿实验室生物学家来说是个挑战。这就是TBtools-II大展身手的地方了，它是一个集成多种生物信息学工具的独立软件，带有直观易用的界面...
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